其一，关于宇宙本原或本体论。天主教认为天主创生人与万物，是世界的本原和最高本体，也是人和万物的主宰。“天主也者，天地万有之真主也。造天，造地，造人，造物，而主宰之，安养之，为我等一大父母。”。佛教(尤其禅宗)则认为天地万物乃至诸佛全由人们心识产生，“一切万法，尽在自心中”，“万法在自性”，'z:自心(或自性)即人的灵明之性，有时也称之为佛性或“法身”，它是世界的本原，“灵明之性，无始无终……乃夭地万物本原。”当自心清净明彻时，世间万物就自现其中，“于自性中，万法皆见”，这时法性(万物本性)与自性或佛性就成为一体。所以说自心或佛性就是宇宙之本体。

    虽然自性可以变现诸法，包蕴万物，但它并非一个实体性存在，“自性常清净”，④虚灵不昧，很有些类似道家所谓“无”。因而利玛窦在《夭主实义》第二篇中批评说，佛教的这种观点是在宣扬“空无生物”，“色由空出，以空为务”。对此，释通容作文反驳说，利氏的着法是有意谤佛;他还进一步阐述了佛教在本体问题上的观点:“我佛以无始无终全真大道，演为一乘实相了义之法，为之开示，令人悟人。且一乘者何，乃.Ey.相常住之法也。此相常住之法在于何处?就现前天地万物，纵目所观，纵手所指，头头就位，物物天真，从本以来是是相常住之法。”⑤u相常住之法”就是自性或佛，佛的本性并不是空无一物，它虽无始无终;却包融在万物之中，并没有一个独立于万物之外的空无本原或本体。

    天主教认为，天主是宇宙间唯一真神，离言绝象，’所以一切偶像崇拜它都坚决反对。佛教尤其是禅宗虽然极力淡化偶像崇拜，甚而呵佛骂祖，但并未从根本上否弃它。因而袜宏首先针对夭主至上说和天主本体论提出了批评。他认为天主只不过是佛教众天神中之切利天王，“彼所称天主者，切利天王也，一四天下三十三天之主也。”这样一来，就使天主由本体还原为现象(三十三天在欲界，欲界是现象三界之一)，失去了其至上性和崇高性。即使在现象界中，天主也处于很低的地位，“彼所称最尊无上之天主，梵天(引注:色界之天王)视之，略似周天子视千八百诸侯也。”既然天主教的创世主只是佛教世界图式中一个组成部分，更广阔的宇宙他们还没能认识到，这个天主就并无高明、神威之处。

    株宏这番批评很快就被耶稣会中人驳回。在《复莲池大和尚竹窗天说四端》中，这位会士先根据西方地理的新发现“五大洲说”，证明佛教“四天下说”与事实不符;又指出，佛教文献中一些记载常自相矛盾，因而袜宏依据佛典的这一说法不能令人信服;他还提出，佛教的三十三天之说源自西方。这样就从事实、典籍和根源三方面反驳了袜宏将天主看作切利天王的说法，确立了天主的独一地位。

  其二，神与人及万物的关系问题。天主教认为，作为人与世界万物的创造者，天主具有绝对崇高的超越性，“天主本性超越万物之品”。②人和万物又被天主赋予了不同的品性，人、动物、植物次第构成了一个由高到低的生物序列。利玛窦因而提出“魂三品说”:“明道之士皆论魂有三品。下品日生魂，此只扶所赋者生活长大，是为草木之魂;中品曰觉魂，此能扶所赋者生活长大，而又使之以耳目视听，以口鼻吱嗅，以肢体觉物情，是为禽兽之魂;上品日灵魂，此兼生魂觉魂，能扶植长大及觉物情，而又惮所赋者能推论事物，明辨理义，是为人类之魂。”这是依被创造物知觉灵明的高低将生物分为三类，其中生魂与觉魂都是形消魂灭，故可归为一类，而“人身虽死而魂非死，盖永存不灭者”，自成一类。毯因此，人为万物之长，富有灵性，可以支配和利用万物，对之有生杀予夺之权;而万物存在的目的，也就在为人所用。公由此天主与人及万物形成一种不平等关系。

    佛教则认为万事万物乃至诸天神都从自性本空的“心”中生出，在根性上没有差异，无论禽兽人类，还是草木金石，都是一体之物。释寂基在《昭奸》一文中批评天主教的神性高于人性、人性高于物性论时说:“彼夷不悟万物一体，故揣摩有天主以生万物，遂以天主之性不同人性，人性不同禽兽性……故不知人物同灵，原为一体，至错谬乃尔。”@其后释通容在《原道辟邪说》中更明确地提出人与天地万物为一体的观念:“无始无终是天地万物之大本也。悉其名则曰本心，日本性，曰至理，曰大义，曰一气。名目虽多，而旨固无外，此无始无终之大本。融其大本，则日亘古今，通物我，包万有，齐群象，无所不该，而无所不贯。故此大本与万有群象，古今物我为一体。盖名相殊，而其所察之道体一也。”万物一体观念很能表现出佛教“众生平等”的精神。禅宗进而有“人人皆有佛性”之人佛平等观念。不过这平等须建立在人自性清净、不执着于物我之基础上，当人们破除妄执，觉解清净自性时，就达到成佛境界。“自性悟，众生就是佛。”“佛者，觉也。觉者，悟也。人人觉悟则人人皆佛也。”

    总之，在神、人、物三者的关系上，天主教坚持天主超绝万象，高居人类和天地万物之上，而人类高于其他一切受造之物;佛教则强调佛与人及万物具有一体性，是一种平等的关系。这是二者的又一分歧之所在。

  其三，轮回问题。佛教认为，一切有情众生在现世的处境是由其前世之身的行为(谓之“造业”)所决定的，是前世之“业”的果报;而其现世的行为又是来世处境的业因。这样不停地造业、受报，世世轮回，永无止息。根据这种业报理论，一个人在此世的人身很可能是由其前世修善积福的兽身转化而来，如果他在现世继续行善，那么到来世可能会轮转成“阿修罗”’甚或“佛”;反之则会变成饿鬼或畜生。

    天主教虽然也讲来世和善恶惩罚，但并不认为人和物可以互相轮回迁转，因而佛教轮回说一直是它批评的重点对象。其中以利玛窦在《天主实义》中的批判最为详尽。他认为轮回说逆理之处有六:一，如果灵魂可以轮回，迁转来世他身，“或为别人，或为禽兽，必不失其本性之灵”，那我们应该能记得前世灵魂之事，“然吾绝不能记焉，并无闻人有能记之者焉”;二，如果前世罪人转为今世禽兽，使今世禽兽具有人魂，那么，今日禽兽之魂与前世禽兽之魂不同。“然吾未闻有异也。”三，灵魂有三品，人与禽兽、草木各不同其灵性，而轮回说肯定人与动植物同灵同性，因此“乱三魂之通论”;四，人与禽兽体态不同，“则其魂必异”;五，“恶人魂变兽不可为恶人之刑”，若将前世罪人变为今世禽兽，并不能起到惩恶之效，反而顺肆其欲，更生恶端，如“暴虐者常习残杀，岂不欲身着利爪锯牙，为虎为狼，昼夜以血污口乎?”这样世界便无公义可言;六，“轮回废农事畜用，乱人伦。”如果我们所杀或所役使之牛马是父母的前身，那我们怎能忍心为之?忍心为之则乱人伦，不忍心为之则废日用农事。又诚依轮回之说，“一切有生皆宿世父母”，我们所娶嫁之人或役使之人竟是我们的父母，“此又非大乱人伦者乎?”然而我们又不能不行婚娶，置脾仆。这一矛盾无法解决。

    针对利玛窦的最后一条批评，株宏在《天说二》中进行了辩驳。他说:“夫男女之嫁娶以至车马、童仆皆人世之常法，非杀生之惨毒比也。故经止云一切有命者不得杀，未尝云一切有命者不得嫁娶，不得使令也。”重申了佛门只禁杀生而不禁伦常日用的主张。因此，利玛窦这般设难，是有意诬佛，惑世人耳目，“是谓骋小巧之迁谈，而欲破大道之明训也。”

    此外，佛耶二教在因果报应、天堂地狱等问题上也颇多争论，本文不再赘述。由这些争论可见，佛耶双方对二者理论上的真正区别并没有弄清，因而在本体论、轮回说等实质性问题上的论辩就不免过于浅显和不得要领。如在本体论上，天主教之“天主”，虽然也指世界最高本体，但更多强调它的宗教主宰含义，而佛教的“佛”或“自心”不具有创生性和主宰性，更多地着眼于其本体意义。即使同样作为本体，天主和佛也绝不相同，天主具有绝对超越性和崇高性，它不可能融于具体现象之中，通过人或物来表现自身;佛却可以通过无数千差万别的现象表现出来，犹如“月印万川”一般，故有“青青翠竹，总是法身”之说。这是天主与佛的本质区别。株宏并不了解这个差别，所以才会将本体的天主当成现象界的切利天王;而耶稣会士虽然也指出了袜宏之说的不可靠性，却并未从正面说明二者间的上述差别，也不能令人信服。再如，利玛窦批评轮回说时，从人和动物体态不同推出二者灵魂迥异，这一说法颇为荒谬，而株宏未能指出这一点。诸如此类，繁不胜举。这一方面是由于双方都未能仔细深人研究过对方理论;另一方面也与天主教急于和佛教划清界限以便顺利传教的策略有关。

      从上述论争还可以看出，天主教认为上帝创生和主宰万物，神性高于人性，这种观念将人类的生死祸福完全置于上帝这一绝对超越的宗教神灵的权威和支配之下，人类的解脱得救只能依靠上帝。这表现了一种典型的外超越型的宗教文化心态。而佛教主张人佛平等，天地万物是一体，人可以通过顿悟或渐修摆脱人生之苦，达到成佛境界。这一点与儒道二家的天人合一、“人皆可以为尧舜”或苦行以人圣的观念极为相近，都是将人生的生死解脱之道诉诸人类自身，力图通过自身修养(道德的或宗教的)达到与仙、佛或圣人同一的境界。可以说，注重人类自身的心性修养，注重自我的内在超越，这是儒、释、道三教的共同倾向，也是整个东方宗教文化的基本特点。从这个意义来讲，佛耶论争反映了东西方两大宗教文化精神的差异，即所谓自力救赎和他力救赎、内在超越和外在超越的差异。因而佛耶的这场论争实质上也是耶儒之争的一个曲折反映。