明清时代，在地理学发展的基础上，自唐末杨绮松独创一派、授徒传术，到北宋王极复活八宅、演绎九星、又创派系，南宋胡舜申革新郭杨古法风水，赖文俊创立天星人盘，蔡元定误删误释《葬书》，这些都为明清时期风水的分化埋下了伏笔。明清承袭了唐宋风水的习俗而进一步深化普及，使得风水思想更加深入人心，风水活动遍及皇室和民间，风水论著繁杂纷呈，伪书泛滥，江湖术士流行，整个风水发展到了一个派系纷杂的境地。
浏家港陵园,上海公墓,
徐霞客开辟了从地理学上系统观察自然、描述自然的新方向，是明代地理学的杰出代表和集大成者。清人潘来指出:“霞客之游，在中州者，无大过人……其行从不官道，但有名胜，辄迂回屈曲以寻之;先审视山脉如何去来，水脉如何分合，既得大势，然后一丘一壑，支搜节讨。”这成为近代地理学的萌芽，同时一还完善了《禹贡》中提出的山脉观念和《山海经》中的五大山系说。徐霞客在明人王士性的干龙学说的基础上游历诸多名山大川，用一种新的思想将整个山川海河重新修正和整理，提出自己的山系河流学说，为此时的风水理论充实了其地理学知识。
此外，这一时期的考据学、相地学、园艺学等发展也较为迅速，哲学领域盛行新理学。以承继孔孟道统为基础，兼吸收佛教禅宗和道教的思想，融三教为一炉，逐渐成为中国传统思想文化的核心内容，风水观念已深受王室贵族、士大夫以及民众的青睐。风水思想和实践活动不仅仅是追求表面和物质上的需求，而是想精神领域的慰藉发展。阴、阳宅的选址和修建更是体现和寄托了人们深层次的思想内涵。
明清两朝帝王贵胃对于风水的痴迷更甚于大夫和平民，是这一时期风水观念普及的积极倡导者和风水实践活动的参与者，尤其在都城选址、宫殿修筑、陵墓选址等方面表现更明显。如出身游方和尚的朱元璋为定都之事曾费了不少心思，以为金陵城外牛首山和花山无朝拱之象，北平依山凭眺、俯视中原，较金陵更有独尊之意而欲移都，终因群臣反对而弃之。明成祖在靖难之役后再起移都之心，群臣疏曰:“伏惟北京，圣上龙兴之地，北枕居庸，西峙太行，东连山海，俯视中原，沃野千里，山川形势，足以控制四夷，治天下，成帝王万世之都也。”
万历年间修撰的((( Jn天府志》卷一云:“燕环沧海以为池，拥太行以为险，枕居庸而居中以制外，襟河济而举重以驭轻，东西贡道来万国之朝宗，西北诸关壮九边之雄谍，万年强御，百世治安。”迁都北京后，成祖立即在城内营建四出祭坛:天坛居南，地坛在北，东为日坛，西有月坛;宫室皆位于城之轴线上，左右分置太庙、社翟坛，社翟坛为阳，祭祀上地、谷物翟神，太庙为阴，祭祀祖先。对称的中心点便为风水学，即皇宫所在。充分体现了“古之王者，择天下之中而立国，择国之中而立宫，择宫之中而立庙”之思想。永乐年间在宫城中修筑的奉天殿、华盖殿、谨身殿之基座呈一“土”形，体现在无形之中，则是土居中央的风水理念。
据史料记载，在清代出现如下景象:“凡相度风水，遇大工营建，钦天监委官，相阴阳，定方向，课吉兴工，典至重也。”不仅如此，风水工具也大有发展，清道光年间，太原四合堂之阴阳学家王道亨，博览群书，跋山涉水，征坟验家，著成((罗经透解》，将数千年的风水理论和实践之法集于一盘，建立起风水工具—罗盘理论体系。明十三陵，天坛，故宫，清西陵等在很大程度上都受到了风水思想的影响，尤其是在选址方面表现的更为突出，政府专门设置诸如司天监等各种衙署来负责管理，形成了一套完整的运行体系。
这时将社会将根据地位和职业划分出诸多等级，其中阴阳家社会地位仅次于师爷，医生及画工。此外，政府设立的司天监相度风水也成为定制，皇家的一些重大工程由司天监负责。风水在当时生活中已成为民俗，但风水也开始走向“欺骗化”、“江湖化”。
明清时期，风水观念在皇室的大力推崇下，深植于社会各个基层。风水观念已经在唐宋发展的基础上呈现出“专业化”的趋势:风水观念复杂而抽象、理论著作纷杂而专业、相地之术深奥而难懂，使得大多数普通人士无法掌握，从而只能有具备一定基础的知识分子来普及，使明代以来崛起的士大夫阶层既配合国家意识形态在地方社会的的正统化过程，也利用营造、改造风水，来达到兴科举与掌握地方社会话语权的目的。因而，风水成了他们在水利、矿产、建筑等方面为自己谋取利益和权威的有力资本。正因为如此，风水观念作为人们一种生存观念和利益的边界，随着商品经济的发展、人口的增加和资源竞争的激烈化而进一步扩张，逐渐左右了人们社会行为。
