烈士公墓的埋葬对象是在抗日战争中牺牲的将领和士兵。国民政府内迁后，日本的战略重心逐渐转移至以重庆、四川为主的大后方一带，这导致重庆承受的军事压力十分之大。烈士公墓的选址管理和管理也较为特殊，一般会受到军医院的影响。这是因为将领和士兵受伤后一般由军医院负责管理，如果遭遇死亡也由军医院负责尸体掩埋处理，所以这类公墓优先考虑设于军医院附近。在伤兵数量急剧增长的情况下，政府面临如何处理其埋葬的问题，据档案显示，1938-1948年间重庆地区烈士公墓的数量有限。1939年10月，第十四陆军医院提出希望在医院附近地带(陈家馆、董家溪)指定旷地埋葬伤兵。但财政局认为江北香国寺一带没有充足空地可以埋葬伤兵，只有江北县属第一区龙溪乡蚂蝗裸忠孝堂义地距离董家溪近，且有余地可供埋葬。1940年1月，确定在江北香国寺医院附近建立抗战死亡将士公墓。
烈士伤兵公墓较市民公墓而言规模更小，但由于其需求大，所以建立效率高。烈士伤兵公墓的设立有其独特意义，一方面它通过政府力量处理了伤亡将士的安葬问题，减轻战时人们难以举行丧葬活动的压力。另一方面，它还设立公墓基金以表示对死亡将士的哀悼，以烈士伤兵公墓为媒介，加强个人与民族的联系，以及国家与社会的凝聚力。通过这个过程中对国家、社会、个人关系的处理，政府的公共职责再次得到强化。
这个阶段最有代表性的烈士墓建设是抗战时期张自忠将军的丧葬仪式和墓地建设。1940年_5月28日，国民政府以国葬规格安葬张自忠，表明对烈士的哀悼。8月，中共中央在延安举行追悼会，称其为“尽忠报国”。张自忠墓地最终选在重庆北暗雨台山(后更名梅花山)，墓碑由冯玉祥题写“张上将自忠之墓”，蒋介石另立“英烈千秋”碑放于墓道。无论是国葬、公祭、追悼会等丧葬仪式，还是墓地选择都体现了其葬礼的特殊性。当时正处抗战极为艰难时，张自忠将军的牺牲和丧葬活动既包含了人们对他的怀念尊敬之情，也有对于抗战救国的信念。烈士墓的建设是政府对抗战牺牲将士举行的特殊活动，是特殊的时代产物。
