思想是行动的指南，所以思想方面如果混乱不清，行动就会发生问题。在目前的佛教改革中，佛教徒的思想改进也是一个很重要的问题。思想直接决定人的行动，如果在思想上出现了偏差，行动上也必然导致问题。佛教徒的思想一方面长期受到封建主义风气的影响，另一方面一些错误的观点也在佛教界内流传。所以在目前当务之急改进佛教徒思想方面存在的问题。巨赞法师说“改进思想不是一个简单的事情，可能经过许多次的反复争辩，或者还会引起误解或无谓的纷争，我认为那也是不可避免的事情，并不妨碍思想的改进。因为我们佛教徒思想方面须要改进是事实，而中国佛教在封建社会里成长了一两千年，蒙受着封建社会的许多沾染也是事实。
中国一直是封建社会，统治者为了统治和压迫人民就在思想上对其教育。统治阶层仅仅用严刑来使人民屈服，只能暂时的压迫并不能使人民心甘情愿的被统治和剥削，所以要从思想上来对人民进行治理。统治者用受命于天等愚昧的言论来达到自己的目的，让人民甘愿被剥削而不愿和统治者作斗争。统治者还提倡游于方外，诱使人民消极厌世，不问政治。直到解放后都还有许多人不问政治，所以统治者对人民的进攻是达到了目的的。统治者为了保证他们的利益，还从佛教理论方面来误导人民。佛教本来积极的佛教义理如因果轮回，出世等被歪曲为麻醉人民的工具。把因果轮回歪曲为统治阶级及所需要的命定论，出世等也都解释为消极的意义。巨赞法师说到“佛教原来所具有的积极救世精神湮没不彰，佛教徒的思想和行动也大都与现实的社会生活，尤其是革命的斗争生活，隔离得很远。
在理论的混乱方面，巨赞法师认为最主要的就是“返本还源论”和“因果轮回论”。首先是关于长期误导佛教僧人的“返本还源”论。返本还源论是说真心是原本清净的，后来被烦恼所污染，只要除去烦恼就能还原本来的真心。巨赞法师则认为返本还源论是错误的。首先真心清净就不会被染污。以白纸来说，白纸的白就只能是白，如果纸上有其他的颜色混合，那么这个纸就不能称为白纸。真心也是这样就不能说本净。若本净的真心被染污，那就有被染污的可能性，那本就不是真正的净。其次，真心清净，烦恼又是从何而来。以水面比作真心，波动比作烦恼，风比作烦恼所来。水和风是没有关系的，如风和水有关系，真心就本不净;若风和水面没有关系，那么这个影响真心的风就解释不了。最后恢复了本来清净的真心，成佛以后还会不会被客尘烦恼所染。若不会被染，那么真心就不应该被污染;若要被污染，成佛就没有意义。巨赞法师认为“本净真心与妄念的关系，也就是法与法性的关系，亦即事与理的关系。法与法性，理与事的关系是不即不离的，两者没有先后，既然没有先后就不是从抽象生具体，从理生出事，从法性生出万法来。理是宇宙发展过程中的规律，是不会变的，佛教从绝对不变的这个意义上称为真心，清净。巨赞法师说到“从众生到成佛，是迷妄通过实践，而逐渐净化逐渐进步达到顶点的过程，而不是还原为原来的样子。”“5众生到成佛的过程，是依靠自己的力量不断创新进步的，是积极向上的。返本还源论既不符合佛理更是违反时代的。在巨赞法师看来，人类如果遵循返本还源的道路走，就会退回到最初的原始社会，这是不符合社会发展规律的。社会只会往高级的社会形式发展，人类的前进才有意义。这是长期忽视教理研究，不理解佛法真义，而执着于返本还源导致和现实生活脱离。
