(一)历史背景因素影响
目前呈现在我们面前的南山寺，建成后遭到了自然与人为的破坏，因此现存寺院中绝大部分是后世重建和修缮后的清代寺院空间与建筑配置模式。但我们仍能从历代史料、县志及佛教史传等资料的扒梳分析中得出该寺始建于元代。
文献《清凉山志》确切记载:“成宗元贞一年，帝幸台山，睹灵现有感，救建万圣佑国寺。”又据《佛祖历代通载》记载知:“世祖尝以五台绝境欲为佛寺，而未果也，成宗以继志之孝，作而成之，赐名大万圣佑国寺。”也就是说南山寺原来是元成宗来完成元世祖的遗愿而所建的一座元代皇家寺庙。根据《山西通志》等史料记载，我们得知该寺曾不断地得到帝王的关注与赏赐，地位也随之显赫一时。另外值得注意得是，在元代正史中的相关记述中所提及的元代宫廷、皇家关系密切的寺院，这些寺庙往往被命名时都被冠以一个“大”字。这就与南山寺时称“大万圣佑国寺”是完全吻合的。这也能从侧面体现出元代帝王对佛教的重视以及该寺院在当时的等级之高、规模之大，以及后续会隐现出的择址因素。
作为该时期的皇家寺庙择址在此，是有一定历史背景及形成原因的。五台山位于山西省的东北，分别由东台、西台、南台、北台和中台五座山峰组成，由于其峰顶平坦，因此叫做五台山。其有着独特的地质、地貌、气候和生态环境景观且与深远的佛教文化相结合。又因该山特征与传说中佛祖释迎牟尼出家修行的印度灵鹜山极为相似，从而被赋予了丰富的宗教含义。加之文殊菩萨是释迎牟尼的左胁侍，而此时五台山作为文殊菩萨道场已深人人心，且具有了广泛地影响力。五台山作为中国传佛教的传播中心，自然受到了元代统治者的关注。南山寺在该时代择址于此也是合乎情理的。
(二)外部环境因素影响
首先，为了满足其良好的功能性。山岳佛寺选址上一般都会选取良好的小气候特征。如气流通畅、有着充分的日照，要求靠近水源与树一林良好的地势高差来处理雨水的排泄。这都是为了便于僧侣的修行与生活的功能性。靠近水源对僧侣的生活以及寺庙内植物瓜果的灌溉、饮食、洗浴、如厕等相关活动，甚至是微气候的调节都起着至关重要的作用。在距南山寺不远的山脚下，有活水流经，这为僧人日常生活提供了稳定充足的水源。寺庙建于林间与树-林的周边可为其提供丰富的果蔬、薪材有着一定关系。此外，也正因为植被茂密、树一木长势良好，这为该寺提供了遮蔽条件。这符合了僧众避世潜心研修佛法的需要。再结合当时的战乱与王朝更迭频繁的社会环境，这样的外部环境也起到了一定地防护作用。这便成了该寺在选址上有利的外部因素。
其次，这是佛教的发展趋势所决定的。随着佛教的发展，寺庙建设扩大了外部的空间，同时也是为了用一定的手法来渲染宗教气氛，从而利用隐秘的外部环境来烘托宗教建筑，这达到了让人们可以暂时逃离现实社会的目的。并使其借助优美的自然环境从而达到安抚心灵，更进一步地在视觉、心理上加强信众对宗教的阪依感。
(三)风水学因素影响
“风水”一词，较早出现在晋代郭璞的《葬经》中，该书中指出“气乘风则散，界水则止，古人聚之使不散，行之使有止，故谓之风水”。由此看来，古人在不发达条件下对良好的气候与环境有着自己的诉求与探寻。在唐朝之前，风水学说已有近千年的积淀。在之后的历朝历代与建筑相关的选址、布局、制式、建造等方面几乎无一例外都受着风水学的影响。而对于佛教寺庙来说，外部环境是否符合传统的风水学理念，这是进一步左右寺庙选址的因素。对于这一思想，《园冶·相地篇》也曾提到过“略成小筑，足征大观”。
