恩培多克勒是一位兼有唯物论科学思想和唯心论宗教思想的哲学家，从而使他的哲学具有二元论倾向和宗教神秘主义成分。①在他的宗教思想中，人格化的多神教和理性一神论的内容混杂着，灵魂是不朽的精神本体，并且信仰灵魂轮回转世学说，灵魂可能会转世到人、动物或者植物身上。他还是一个素食主义者，认为所有的生物体都在一个精神层面上，动物的身体是受到惩罚的灵魂所在之处，智慧的人，知道了生活的秘密，在下一世将成为神，他们的灵魂也就得到自由不再受轮回之苦，可以在幸福之地享受永世的福社。

    恩培多克勒宗教思想的主要脉络体现在其著的《净化篇》中，其中包括灵魂轮回、人神关系以及人的宗教道德生活方面，它的核心要义是:宣传灵魂轮回转世，并且企图用理性的神去修正俄尔普斯教和毕达哥拉斯学派的宗教学说，抨击当时希腊的通俗多神教。净化，这个词一的原意是清除罪恶，恩培多克勒认为“人们必须从五泉中汲水盛入坚实的铜盘来洗净自己。而净化则是俄尔普斯教的一种重要教义，俄尔普斯教宣传依附于肉体的灵魂，带着前世的原罪来到这个世界，应该采取祭酒、祛邪、戒欲以及用清水净身等方法才能使灵魂得到净化。当时俄尔普斯教对南意大利地区的精神生活有很大的影响，毕达哥拉斯学派也接受了这种教义，可以说，恩培多克勒《净化篇》中的主要思想来自俄尔普斯教和毕达哥拉斯学派的学说。

    《净化篇》中的灵魂是独立的实体，可以轮回寄藏在各种生物之中。人是灵魂轮回的最高形式，人必须通过净化手段，洗涤罪恶才能使灵魂返回到和诸神同在的极乐之境。恩培多克勒所说的净化手段，除了俄尔普斯教用清水净身这种教仪外，主要还有三种方式。第一种禁忌吃肉和豆类、月桂等。他认为动物的躯体中寄藏着与人有亲属关系的灵魂，吃肉无异是一种吃亲骨肉的极大罪恶。恩培多克勒猛烈抨击当时盛行血祭仪式的希腊宗教，因为他认为在血祭中屠杀的牺牲与人有血缘关系，他指责血祭是亲骨肉互相吞噬。“父亲举起他自己的己经变了形态的儿子，口中念着祷词屠杀了他。这个愚蠢透顶的人!人们在牺牲旁边向神祈求恩幸，那个父亲是听不到牺牲呼叫的聋子，在殿堂里屠杀它们，准备了罪恶的祭宴。而儿子呢，他们也以同样的方式屠杀他白勺父亲，撕毁双亲的生命，吃着亲属们的肉。”第二种净化方式是“戒绝邪恶”。主张在道德生活中不可作恶，要用爱的道德联结人们，过着善良、恬静的生活。第三种净化方式最重要，是用知识净化。毕达哥拉斯学派将从事哲学和数学的研究，看成是净化灵魂的一条重要途径。恩培多克勒继承了毕达哥拉斯学派的这种思想，他认为人和乐园中诸神的区别，并不是绝对的，主要还是知识的高下。灵魂要获救，要返朴归真就必须向诸神看齐，靠理智去获得丰富的知识，包括自然、宗教和道德的知识，这样才能跻身到神的行列中去。凡人的灵魂获得知识是净化灵魂的一种手段，这种知识净化论是将理智和知识的因素吸纳入宗教思想中，这是恩培多克勒宗教思想的特点，这也是从毕达哥拉斯学派的灵魂轮回说到柏拉图的理念论以及回忆说的一个中间过渡。

    我们从《挣化篇》中可以看出，恩培多克勒是一个虔诚的宗教布道者，在冗长的布道中，恩培多克勒首先论述灵魂堕落而被放逐和转生。⑧他在讲灵魂时没有用“psyche”这个词，而是用了“daimon "，意为“个别的神”和“灵魂”，也可认为是“不朽的精神”。恩培多克勒认为灵魂轮回要经历三万个季节，这也是俄尔普斯教的传统说法，但是恩培多克勒这种灵魂轮回转世说与其元素论和宇宙循环演化说有某种联系。灵魂轮回要通过四种元素，这些物质元素为灵魂的轮回转世提供了居住的场所。自然界这四种元素的剧烈变动，都讨厌并且折磨着有罪的灵魂，灵魂轮番地寄托在自然界的各种植物和动物之中。他认为“灵魂二寄托于兽类时，最值的是黄褐色的狮子，那些雄伟的动物栖息在崇山峻岭，以大地为床;当它们寄托于树木时，最好的是拥有令人赏心悦目的月桂。”人则是灵魂经过多次转生才到达的最后的栖身之所。恩培多克勒认为他自己也是“从天上下来的流浪者，徘徊在芸芸众生之中，”他的前生“曾经生为男孩、女孩、树木、鸟，以及不会说话的海里的鱼。”可见，他所说的灵魂同它们所寄托的自然界中各种有生物的关系，是一干帕杆口形的关系，这种~灵魂已经是一种精神性的东西了。

    他认为灵魂在未获罪，没有被放逐以前，是同神生活在至善世界里的，他理想的神圣乐园并不在希腊宗教和神话传说中的奥林匹斯山上。在他的天堂里，爱神阿芙洛狄武的权威取代了宙斯，诸神和万物一起过着宁静和谐的生活。恩培多克勒所描述的幸福乐园，显然不同于希腊宗教所崇奉的存在着斗争、奸诈、嫉妒和仇杀的那个由宙斯统治的诸神世界。这个乐园由爱的原则所主宰，四季如春，树木常青，没有战争和痛苦，只有和平与欢乐，诸神同万物相亲相爱，和谐地生活着。灵魂所以会获罪而堕落，是同爱和争两种力量的斗争紧密相关的。在《净化篇》中，爱和争主要是作为善和恶两种伦理价值的力量，可以使灵魂从善而升华或使灵魂作恶而获罪的两种对立的精神原则。希波吕托斯记载“恩培多克勒说有被‘争’主宰的宇宙，是恶的宇宙;又有另一个 ‘爱’所主宰的理智的宇宙。爱和争是善和恶两个对立的原则。”在他看来，灵魂所寄托的现实世界在很大程度上处于“争”的影响下，只有完成灵魂的净化，才能更好的实现轮回转世。