寺院坐北朝南，二进院落，沿中轴线自南而北为山门、腰殿和大殿，山门东为十王殿三间，西为罗汉殿三间;腰殿左右垛殿各一，左为祖师殿，右为青龙门;大殿左右垛殿各一，左为护法殿，右为伽蓝殿。腰殿现存水陆壁画125平方米，壁画的前人研究成果己在上文有所提及。正殿存“释迎说法图”、“弥勒经变图”60. 35平方米。其中，腰殿水陆画据柴泽俊调查为至元二十六年(1289)始绘，但殿内北壁历经磨难，壁画直到永乐四年(1406 )才最终绘毕。笔者赞同其观点。首先，腰殿北壁载有题记:“绛阳石村丹青刘士通，绘画水陆大殿壹座，长男刘存德，次男刘存让，门仁杨，大明丙戌年(1406)孟夏渐热月乙酉日工毕。”此题记具有迷惑性，让他人误以为壁画为明代作品。但根据壁画的人物造型和色彩服饰，都与同地区的永乐宫的元代壁画的特点大致相近。其次，腰殿脊下侧题记载:“时大元国至元二十六年中秋……上大析”，知其建于至元二十六年(1289)，殿内水陆壁画则为同时期作品。最后，北壁墨书题记载:“……施砖砌造，工钱一折，皆口百年长受，口口消散如意者，大殿兴工，着动等主降口，至正十六年四月十二日。经历元代大地震后，青龙寺北壁损毁严重，于至正十六年(1356 )重修，壁画则直到明代才绘毕。
青龙寺腰殿南北皆有殿门。西壁三佛并坐于最高处，当中佛像结枷跌坐于须弥座上，身披白色袭装，头戴宝冠，手结毗卢印，当是毗卢舍那佛。依照仪文，毗卢遮那佛左右应为报身卢舍那佛，化身释迎牟尼佛。各菩萨、护法、天仙众拱卫在其周围。东壁与西壁构图相似，但其上部所绘佛像己毁。南壁与北壁被殿门所分，南壁上部未被完全断开，绘十大明王;北壁则分为两部分，一部分为孤魂众，一部分为罗汉和冥府神抵。另外，除东西壁各神抵面向各自主佛外，南壁东侧神抵皆面向东壁，南壁西侧神抵皆面向西壁;北壁各神抵皆面向东壁，构成一幅宏大的水陆法会。
