清顺治、康熙时期，蒙古地区多事，故清政府重点禁止喇嘛在蒙古各部之间或者在蒙藏地区间游方，以期杜绝蒙古王公间或蒙藏上层分子间私相往来，暗通信息的可能。顺治四年(1647)，谕令:“喇嘛不许私自游方，有游方者，著发回原籍’。又订令:“游方之徒，不得擅留，违者治罪。顺治十七年(1660)题准:“归化城喇嘛有事往额鲁特、喀尔喀地方者，均令具题请往，都统不时稽查，毋许妄为。额鲁特、喀尔喀往来人、格隆班第等亦不许擅留，违者治罪。康熙前期，又多次发出禁令，规定“唐古特喇嘛徒众非奉旨不许私来”。“外番蒙古地方，除册籍有名之喇嘛外，其游牧之喇嘛班第，皆令驱逐，倘不行驱逐或隐匿容留及将各该属家奴私为班第者，事发，王、贝勒、贝子、公、札萨克台吉等各罚棒一年，无傣之台吉罚马五十匹入官，仍革职。
如果说，上引皇帝的令文中还有某些隐讳之语，没有将禁止游方的目的说明白的话，那么康熙朝曾官任将军的郎谈的话就直率坦诚了，他上折子说:“窃查边内非蒙古所居之处，寨口非刺麻任意来往之所……臣意欲严令诸隘口官吏，不得令刺麻任意出入，稗内地消息泄于边外蒙古”。
清政府又以严厉的手段，打击那些犯禁进入蒙古地区的云游喇嘛。乾隆五十七年(1792)，有噶勒丹锡嚼呼图克图的弟子额尔德尼达贵等赴科布多各部落旗下化缘，被当地军政官员伍弥乌逊拘留，并将主要人犯解送北京，乾隆派王子等会同军机大臣审讯得知，此事竞系噶勒丹锡呼所使。乾隆帝为此发出龙吟:“联现在保护黄教，清理喇嘛一切弊端……，若不严行办理，断难整伤”，遂将噶勒丹锡嚼所任札萨克达喇嘛一职革去，又以噶勒丹锡呼呼图克图“年少不谙事务”为辞给予以开脱，将责任全推到商卓特巴札萨克罗卜藏丹身上，结果将罗剥黄后发往江宁服苦役，其押在科布多的喇嘛全部解送刑部，给予严惩。乾隆还因此向蒙藏的地方官发出警告:“此案伍弥乌逊若苟且完事，不行具奏，联必将伊一并治罪……”。并要顺便寄知驻藏办事大臣福康安、和琳，传谕达赖喇嘛、济隆呼图克图，以示清廷振励佛教、整顿喇嘛流弊的决心。谁都明白，此案若仅是一桩化缘事，那绝不会惊动皇帝的大驾，动员那么多官员查处此事，显然这里面有更深刻的政治因素。
雍乾时期，是青藏地区的多事之秋，清政府又重点禁止喇嘛在蒙藏地区间游方。对那些由北口蒙古各部到西藏游方的喇嘛，制订了一套严格的管理办法。如乾隆五十八年(1793)议准:“嗣后凡遇蒙古王公等延请喇嘛者，令西宁办事大臣行文赴藏，再由驻藏大臣给予执照，并咨明西宁办事大臣，庶彼此各有关会，来往时日，皆可按照而稽，永杜私相往来之弊。道光四年(1824)奏定:“青海地方凡有北口各部落蒙古喇嘛赴藏熬茶，十人以上仍留原处请票，十人以下无票出口者，由西宁何处营卡行走，即责令该营卡官弃，查验人畜包物数目，报明青海衙门，复给执照，一面移咨驻藏大臣查照，将票缴销。回时由驻藏大臣发给路票，在青海衙门查销。又规定:凡五台山等地喇嘛前往普陀山进香者，由该地“督抚咨明理藩院，转咨兵部给发路引，仍令该管督抚咨浙江省，伤令守口员弃查验放行。回掉后，守口员弃验明人数放进，呈报浙江巡抚，于年终将出入人数造具清册，分送兵部并理藩院，以凭查复。如出口人数与部发路引不符，守口员弃照盘查不实例议处”。
