晚清佛教不仅面临自身的困境，还要面对来自基督教的挑战。作为虔诚佛教学者的杨仁山也不得不面对和思考对策。杨仁山非常肯定佛教在建立个体精神秩序和社会道德方面的意义，认为个体精神秩序是社会道德的基础。他说:“方今上下相蒙，人各自私自利，欲兴国岂可得乎?然而，对于佛教的衰弊他有清醒的认识，发出“我国佛教，衰坏久矣”的叹息。因此，他从佛教组织、佛学研究和海外传教等三个方面阐释了其佛教改革思想。
在佛教组织方面，杨仁山的改革包括强化寺院的教育功能以及创建居士佛教组织。针对清代佛教的流弊，杨仁山积极主张效法欧美基督教的做法，强化寺院的教育功能，开设佛教学堂。佛教学堂分为开展世俗文化教育和佛教专门教育。对于世俗文化教育，杨仁山认为要以世俗知识和思想教育为主。同时，世俗文化教育还必须要学习和研究佛教义理，强化个体的精神秩序。对于佛教专门教育，杨仁山认为要以佛法的研修为主，同时兼学世俗文化知识。在佛法研修方面，杨仁山将所学分作三等:初等、中等和高等。初等所学包括世俗文理知识和浅显的佛教经典。中等包括学习佛教比较深的经、律、论，三年学成之后，受比丘戒，发给度碟。高等学习内容深奥的经典以及教、律、禅、净等佛教理论，学成后受菩萨戒，更换度碟。初等和中等只能当两序职事，而方丈必须获得高等学历。倘若全不能学，则僧人还俗。杨仁山的这种设想扩展了佛教丛林的公共教育功能，获得了部分寺院的支持。这一设想是对清代佛教流弊的针对性改革，它使寺院丛林开始了近现代转型，成为人间佛教运动中佛教大学的前身。
杨仁山在探索、推动佛教组织改革的同时，也在探索居士佛教的组织形式和学习、研究佛教的方式，并将思考转变为现实的活动。1866年，他和王梅叔、魏刚己、赵惠甫、刘开生、张浦斋、曹镜初等人集资，在南京成立金陵刻经处，镌刻了三百多种亡佚多年的佛教经典。他自办释氏学堂，实现其振兴佛教的理想。1907年他创办了抵恒精舍，由此居士佛教开始了自身的学习、研究组织的建设和发展，为佛教培养了优秀人才，欧阳竟无、太虚大师就是该组织的学员。由于经费问题，两年后，抵恒精舍停办，1910年，杨仁山在金陵刻经处创办了佛学研究会，自任会长，每月开会一次，每周讲经一次，深受会员欢迎。
杨仁山佛教改革的另一个表现就是积极推动佛教向海外发展。他在《支那佛教振兴策二》中己经提到海外传法的愿望。他指出，佛教具备流传世界的能力，且具有在国外传播的可能性和必要性。他在《与李小芸(国治)书二》中谈到这样一件事，他说:“南方有人发愿重新印度佛教，选才教授，敝处独肩其任。这里“南方有人发愿重新印度佛教”指的是斯里兰卡人达摩波罗，他曾致信杨仁山，希望中国能派出僧侣和学者，赴印度弘法，这种想法受到杨仁山的高度赞赏，并在1895年与杨仁山在上海会晤，其赴印度弘法的事业受到杨仁山的赞助。在这件事上，杨仁山希望日本的南条文雄赴印度传教，他说:“锡兰(即斯里兰卡)人达摩波罗，欲兴隆佛教而至上海，云在贵国耽住多日，想己深谈教中旨趣。其意欲请东方人至印度宣传佛教，未知贵国有愿去者否?以鄙意挨之，非阁下不能当此任也。’杨仁山指出了佛教在印度重兴的可能性，并竭尽全力帮助达摩波罗复兴佛教的设想。关于佛教向外传播的首选，杨仁山选择了印度，并以印度为桥梁，向欧美传播。他很愿意与欧美的传教士合作，共同翻译佛教经典，以此促进欧美人对佛教的认知。杨仁山与基督教传教士素有交往，他与欧美传教士合作翻译佛经的意愿很高，他在《与日本南条文雄书十三》中说:“英人李提摩太在上海约弟同译《大乘起信论》，李君写出英文，刊布欧洲。”回后因与李提摩太在翻译佛经上的分歧，杨仁山终止了与欧美传教士的合作。
