从晚明到清代，基督教向佛教的挑战具有三种不同的模式:上层路线模式;慈善传教模式;传媒、教育模式。
上层路线模式是晚明耶稣会在华传播天主教所采用的模式。这一模式的要领是拉拢中国的儒学士绅，在儒学士绅的帮助下不断扩大天主教在华影响。具体来讲，这一模式包括以下要点:第一，以天主教的教义来解释儒家经典中的重要概念;第二，教唆教徒破坏佛教寺院的设施;第三，天主教徒与佛教徒进行理论辩论。
以天主教教义来解释儒家经典中的重要概念是耶稣会士利玛窦很成功的方法。利玛窦、金尼阁等选取儒家五经中的((缈《尚书》等作为理解儒家文化的对象，以中世纪欧洲经院哲学的方式将这些经典中的“上帝”等概念进行了天主教化的阐释和论证，并大力宣传此种解释和论证。利玛窦等人的这种做法争取到了包括徐光启、杨廷箔和李之藻在内的少数儒学士绅。在徐光启的帮助下，天主教的信仰对明朝的皇室产生了短期的影响。然而，天主教的这种天主教化“五经”的做法并没有获得广大儒学士绅的支持。利玛窦等人也默许天主教徒破坏佛教寺院的设施。在耶稣会传教的教区，经常发生耶稣会士和天主教信徒破坏佛教塑像的事件“几个新教徒己脱离伪神的专制而走入基督的阵营。……另有一信徒偷偷到寺里去打烂佛像的手足。除此之外，利玛窦否定佛教的四大说，他以欧洲经院哲学及其论证为基础，以逻辑形式(只是具备逻辑的形式)批判空无、天主和佛之辩、佛心之辩和轮回、戒杀等内容，断然否定佛教理论。然而，佛教与天主教徒的辩论最终以耶稣会士被驳得哑口无言而收场同。
