能海法师与五台山佛教因缘最为密切。1934年在上海佛教净业社讲经，继赴五台山广济茅篷闭关译经，后任广济茅篷方丈，开讲《四分律藏》、《菩提道次第科颂》及《定道资粮》。是年已译出《大威德十三尊仪轨》，并集出《文殊五字真言仪轨》、《比丘戒集颂》及《菩提道次第科颂》、《定道资粮》等。1937年因抗战爆发，又将住持交与广慧长老，而至成都近郊创办近慈寺。关于能海法师住持广济茅篷的情况，当时的《海潮音》有详细报道:“能海法师，四川人，早年潜心圣教，因供职军中，中年始得出家。出家后留学西藏十余年，显密融通，戒行谨严，回川后宏法蓉渝间，向化者甚众。后朝五台山，因掩于茅蓬，失志精修。对于茅蓬之发展，诸多帮助。今年宏法平、汉、京、沪，提倡比丘戒律，一时尊为大善知识。法师在山修文殊法及大威德仪轨，甚感相应，因此广慧和尚及诸方护法劝请法师接茅蓬住持。今年佛历四月初四日(文殊圣诞日)，传法接位如仪。法师素以修行为正宗，弘法为附业，接位后对外之募缘诸事，仍由广慧老和尚帮助，法师专注重领导十方钠子熏修戒定，祝裕国民，所谓自利利他也。然佛法真谛，不立一法，即佛在世四十九年，亦云未说一字。但为入道方便，则有种种法门。而入道要门，有二大端:一禅观，二念诵，禅诵所共由之道则为戒律，戒乃佛法基础，僧伽命脉，舍此修道，是为背道而驰，任行何法皆不能成就。斯三者亦世尊在世时教授弟子之大纲也。法师有鉴于此，四月十六日，即领众作前安居法。内分二大部，一禅堂，二念诵堂。禅堂坐禅修观与普通禅寺同。念诵堂又分二种:一观诵，二讲诵。观诵依仪轨持诵修观，讲诵依经律辩论抉择。现在先成立观诵部，讲诵埃将来人多再行。在安居期内，每日下下讲经律二小时，则二部合听。计初月分讲四分戒本，中月讲定道资粮，后月讲菩提道次第摄要颂。但安居者不限于二部，内外寮职，一齐安居，有不愿入二部或不能入者，住上客堂亦可加入居安。诸方长老法师来山安居者，另有特别客寮。行持随众与否，听其自便。无论上中下座，但肯修行办道，一切都能如愿也。”
1953年春，能海法师决定率弟子上五台开荒造林，重建律宗道场。选定清凉桥三昧律师道场故址开始筹建，定名为吉祥律苑。1954年春，为广济茅篷大殿毗卢佛装藏，讲《慧行刻意》。返清凉桥安居，培修殿宇，躬亲参加劳作。为新戒授戒，依佛制选十夏以上比丘先学、照通、请佛、成佛、通一、常浩、贞意七人等为戒和尚，师自任戒源和尚，戒坛名慧灯堂。1956年春，参加五台山宗教办事处，组织全山僧众学习。此后一直住广济茅篷、清凉桥、善财洞等处，直至1967年元旦圆寂。
能海法师在五台山继承禅宗、弘扬律学、修持密教，概而言之，主要有如下特点。
第一，显密圆通，无门派之见，会通诸宗。藏传佛教传入汉地，以元、清两代为盛，然多于宫廷之中流传，对汉传佛教僧团和普通信众则影响甚微。近代以来，随着活佛喇嘛相继来汉地传法，以及汉地僧人赴藏地求法，藏传佛教于汉地的影响日益加深。民国年间，内地一度掀起研习藏密的高潮，传法灌顶，翻译经典，盛况空前。近代藏传佛教在汉地的传播，主要有三类:一是学习密法事相，二是学习藏传佛教义理，以翻译经典，以法尊法师为代表;三是两者兼之，以能海法师为代表，对佛教各派平等待之。能海法师曾经开示说:“显是密之显，密是显之密，有则双存，无则并遣。若不知显，则不了密之性相;若不知密，则不悉显之作用。显教乃密教之基础，密教乃显教之善巧方便。二者相互配合，相得益彰。密法若背离显教之基础，即无异于外道。故学人必须有坚实之显教基础，方堪学密。1936年，在五台山茅蓬安居讲学，禅宗僧人早晚上殿，参禅;上师领弟子四十余人法堂修大威德。沈去疾老居士在评价能海上师临终洒脱自如时说:“至于临终洒脱自如，说走就走，设问侍者，暗藏机锋。皆其先日临济家风，禅宗本门功夫，欲密宗神通无关，后人不当附会其为临终时显神通之说。任杰先生是能海上师的弟子，1942年秋至1956年秋，曾依能海法师学经十余年，他在回忆能海法师的家风时说:“外来客僧住学事堂，不分宗派一律平等相待，决不劝他学密及听讲，听讲取其自愿。”又讲:“余依止上师十余年，或讲经或闲谈，从未听上师指他人之过，总是赞他之德，亦未听说别宗之非，扬自宗之长，总是平等对一切宗派及各派之人。”据《能海上师传》载:“师最尊重各宗大德，各派教法，如见虚云和尚先在门外三拜，然后入室互礼。见印光法师，亦赞叹净土，谈论佛法。遇红教寺庙，如康公教低头示敬。对其他宗派，均恭敬相待也。”另据《能海上师行迹录》记载:“上师无门派之见，见虚云和尚，顶礼后才互拜;见印光法师也甚为恭敬，称赞净土，而非以自承密宗便轻视他教;他与太虚大师亦甚相合，绝不因宗派不同而言行有异。能海法师会通诸宗的思想，出于对佛教的长住世间和整体佛教的发展。
第二，解行相应，学修并重。能海法师在五台山弘扬佛法，以培养自他兼利的高素质法师为目标。能海法师强调学是为了修，所以不尚空谈。而修是以学为基础，以般若正见为指导，避免盲修瞎练。“为修而说，如说而修，学修一致，不尚空谈。”能海法师极重僧人教育，他曾经说:“寺庙首应培育僧才，若要法流流传，必须培养年轻一代。”又说:“若令沙弥专修，似难安心，亦不相应;若令老僧学教，亦难学好。故沙弥，青壮比丘宜多学，老僧宜专修。即能各抒所长，各得其所。”又说:“有一定根器或学识者，应以法师为培养目标，学修兼优者最上，能学或能修者，亦有成就。
第三，戒律之提倡。《能海上师传》总结他的德行成就时说:“上师功德，首重三学。宗大师(按:宗喀巴大师)中兴西藏佛法，首在复兴戒幢。师观内地佛法略似西藏当初，故决意提倡戒律，重振僧纲，以身作则，严净毗尼。”能海法师对戒律极为重视，要求共住僧众必须严持戒律，每日严持过午不食，每半月集体诵戒，每位僧人都必须背熟戒本，每年夏三月集体安居。在严格持守戒律的同时，还要求僧众格守清规制度，虽然寺院以藏传修学为主，但仍严守汉地佛教素食的传统，“于藏地学法，虽极困难，仍坚持素食，因素食为汉地传统，僧制重于佛制故。主张出家必素食，在家则许渐断肉食，以为摄引。”
从1937年春，能海法师在广济茅蓬设学戒堂，计划每年春秋二季定例传授沙弥戒、比丘戒和菩萨戒。春季于夏历二月十五日起，演习威仪，至四月初四文殊诞日圆满。秋季八月初四日起，演习威仪，至九月十九观音纪念日圆满。新受戒者，随时听其入沙弥堂，预习律仪，至时给戒。每次传戒人数定为48名，若有超过该戒额者，留至下期与戒。得戒以后要依律制在该堂学戒年，第一年中无论何事不得请假出戒堂。若有他处得戒之比丘欲入本堂学律者，随时听其入堂学习。该学戒堂有五种特点:“一、教授人多，二、教法周密，三、注重行持，四、兼通定慧，五、书籍完备。”
第四，重视丛林清规和制度建设。能海法师在实践中非常重视汉传佛教从林清规制度，他常教育弟子说:“寺庙从林规矩乃祖师制定，经久则成一寺之宗风，若破坏他规，必损其寺，使他无章接引后学。按别解脱戒，一是重罪制戒，一是避免讥嫌，不损他人利益。据能海法师的弟子回忆:“我国佛教徒，为了解决衣食住处问题，曾有不少高僧大德，提倡亦农亦禅的生活方式。最突出的代表人物，如百丈、怀海和伪山灵佑等，都非常重视农业和林业等生产劳动，我们的海公上师更为突出。他老人家经常教诫我们，要发扬祖师、一日不作、一日不食的优良传统、自成都近慈寺开创以来，便采取了农禅并举，便体现了马祖、百丈自耕自食的精神。1953年春，能海上师来到五台山清凉桥，整修了多年失修的律院吉祥寺，“师住持律院后，当即恢复为十方从林，历年于寺院周围植树造林，开垦原有田地，兼营牲畜，稗住僧生活有寄也。能海法师率领弟子自力更生，提出三项计划:“一是山上有几十亩地，可种土豆蔬菜;一是造林，每年春季造林，师都率大众植树，并砌碑以资鼓励，把造林作为长远计划;三是搞畜牧业，经集资建起拥有三十多头牛、驴、马的畜牧组，不久就产了十多个小牛犊，计划每年能产二十多头牛，即可生活自给。”
