1922年至1924年是武昌佛学院发展的黄金期，在武汉先后有武昌佛学院院外研究部的设立，武昌佛学院女众院的开设，并进而影响汉口佛教会开办宣教讲习所，武汉的近代佛教事业在佛教会的影响下真可谓风生水起，朝气蓬勃。然看似一帆风顺，实则暗潮涌动，其症结即在于创办佛学院双方直接目的的不尽相同，在大师一再提出佛学院招生机制的改革，改僧俗兼收为只招僧侣，在居士资助佛学院的同时，亦应该保证居士学习佛学的权利，缘于此双方合作日渐分裂，恰在此时密宗传入武汉，武汉信众信仰日趋转向密教，对大师佛学院支持转少，而大师对于佛教复兴之路数亦发生改变，一变而为“中国人心之转移系乎欧化，于正信佛法之新社会，当将佛法传播于国际文化，先从变易西洋学者之思想入手。”于是当大师第二次提出佛学院改革计划被否决后，他就不再热心于佛学院的教学，而将第二期学生的功课交与善因、化声、大圆等教，自己只担任指导研究生的研究，即便如此，过了二月有余，大师还是突然辞去了佛学院院长的职务，其理由如下:
十三年春起，我已得了胃病，入夏渐剧，食饭呕吐，改食面包，将三四个月，拟作短期完全休息。又因第二期系随他意办，亦减少了热心及松懈了责任。
大师胃病固然不假，但可以想见二期不能随己意办学，武汉居士日渐离心，大师依托佛学院实现建僧的本意无法实现实为主因。后武院院董会虽推孙文楼渴大师于宁波，恳回武院住持，但大师对于佛学院的关注已无法与初期大师的热情相比，在1922年至1924年的两年内，大师主要精力皆倾注于湖广一带的佛教事业，尤其是以佛学院为中心的武汉佛教，较少外出活动，除却1923年的暑期主持庐山讲习会，发起成立世界佛教联合会;而在1925年大师再回武院到1926年革命军占领武汉前期间，大师只有3次在武院短暂停留。第一次为1925年1月25日，大师回武院，对院务逐加整理，为学生讲《二十唯识论》，3月6日即离汉至京。第二次为1926年1月21日，武汉佛教会同人，推大智来苏迎大师，偕与抵汉口，讲经授饭依，过武院，为学生讲《能知地位差别上之所知诸法》，2月7日，大师往苏州自造寺。第三次为1926年5月19日，时大师在汉口佛教会，讲《佛说无量寿经))，过武院，住数日，为学生讲《佛法大系》。其余时间或在北京或江浙一带讲经说法，或设庐山学窘于大林寺，为寰游欧美布教之预备，或组织中华佛教代表团访问日本，参加东亚佛教大会，或宣化南洋，筹备欧美之游，期间大师还曾拟接收北塔寺，筹办中华佛教大学，其办学方法为:“不办小中学而专办大学;不收俗众而重戒律;不分宗派以免偏注。”大师佛教复兴的重心既己转移，缺乏大师有效领导的武昌佛学院不得不走向衰落，1926年10月10日国民革命军进占武昌，佛学院及汉口佛教会均陷于停顿，只留大敬一人守屋，武昌佛学院全面衰落。惜乎大师一方面未能很好处理与武汉卫教居士的关系而使双方日渐离心，另一方面佛教复兴的路数再变而先从变易西洋学者之思想入手。”重心既移，关注必然愈见乏力，佛学院在近代佛教复兴中的地位必然日益下降，必然难当“现代佛化之鸿肿 ;，必然无法成为“世界佛化之中心发祥地.
其后武昌佛学院曾有过两次中兴的机会，第一次是1928年，佛学院院董王森甫、熊云程、等出面召集院董会，改选新董事，推王森甫为董事长，太虚大师任院长，雷定担任院护，在未被军队占用的房舍内开办佛经流通处，后大师赴欧美游化，决筹设“世界佛学苑”，乃改“武院”为“世界佛学苑”，然由于军队仍未迁离武院，工作很难开展。第二次是1932年，武院董事长王森甫、董事罗奉僧和法舫3人聘请军方人士徐克成督办和夏炳灵司令为院护，从军方手中收回了院舍，法舫又重加修葺，6月底太虚大师回武院，指示成立世界佛学苑图书馆，馆内先后设立了研究部、预备班、高级研究部。可是不管怎样，中兴后的武院似乎只是大师世界佛学苑的一部分，己无法与佛学院早期的发展相比，己无力担任佛教复兴的“鸿肿”地位，已难副大师僧才培养、僧制改革的志向。再其后，武昌佛学院虽断断续续地存在到1949年，但不过是近代佛教复兴大潮中许许多多的成就之一，己无精彩可述。
