把真如、如来藏、阿赖耶识作为本体，体现了佛教哲学的思维特点，但从宗教思想考察，这种思维方式有很大的问题，它忽视了佛教中缘起与依止的关系，只是简单地把其看成是直线的生成关系，如此一来，佛教的所有理论和精神都失去了支撑点。可以说，缘起论是佛教理论的基石和核心。佛学全体的基本精神都奠定在缘起论的基础上，换句话说，佛教其他各种理论都是缘起论的展开。
《起信论》是中国大乘思想发展成熟的作品，它的思想比唯识宗更进一步，理论上也更加完备。《起信论》认为，阿赖耶识是因缘合和而成的，随缘真如是因，根本无明是缘，两者和合转成阿赖耶识。它调和了阿赖耶识和如来藏的对立关系，提出了“如来藏缘起”说，认为世界万有都依止如来藏而显现的，也就是说，主张如来藏随缘而生起世界万有，从而与法相唯识宗的“唯识缘起”，即世界万有都是与阿赖耶识种子的变现理论相对立，在中国思想史上产生了极大的影响。
《起信论》思想以一心为起点展开，此一心是隐含了真如佛性的如来藏心。“诸佛如来法身平等，遍一切处，无有作意故，而说自然，但依众生心现。众生心者，犹如于镜，镜若有垢，色相不现。如是众生，心若有垢，法身不现故”。可见如果众生之心蒙有尘垢，则如来藏之清净心就不能显现，只有去垢以后如来藏心中才现出真如法体。“既是一心，更无所念，是故满足，名为法身如来之藏”。所以在如来藏心与众生心二者之间存在的是依止关系。佛家用“众生心水净，菩提影中现”，生动地说明了这个去垢还净、法身呈现的关系。
接着《起信论》阐述以一心开出心真如门与心生灭门，能开此二门是缘于阿赖耶识的作用。因“此识有两种义:能摄一切法，生一切法。云何为二:一者觉义;二者不觉义”。心真如门能显示大乘的体大，心生灭门则显示大乘的体、相、用三大;由于无明的作用，真如幻化出“三细六粗”境界，当无明灭时回复到真如清净状态，而真如体性是恒常不变的。
可见在《起信论》看来，世间万法的产生都是依缘而起，相互之间都是凭依关系，如“依如来藏故有生灭心”。万物生成不是单纯的直线关系，而是多重因果循环往复的过程，这也正是佛教缘起论的特点。佛教哲学是佛教全部教义的思想基础，换句话说，世界观和方法论部分它是佛学中的一部分由此看来，佛教哲学的对象、就是佛教教义中的人生观范围比佛教教义要窄一些是其中的思想核心部分。
佛教作为宗教是一种说教和信仰，而哲学则是智慧的追求、理性的思索。佛教不能等同于哲学，哲学也不足以概括佛教。但是，佛教中包含了一定的哲理，以哲理为理论基础，因此，宗教信仰和哲学思索结合于佛教之中。
