如来藏说与阿赖耶识说原是分别以清净心性或杂染心性为本的两种对立的学说，后来出现了调和两说的主张，认为阿赖耶识既有染也有净，如来藏与阿赖耶识只是名称不同，实质是没有区别的，把染净两说加以综合、融通。
一、阿赖耶识及其诸法种子
阿赖耶识又译为“藏识”或“种子识”等，意谓该识是蕴含一切诸法之种子。种子说有四义:一为因果，二为自性能生，三为种姓，四为行证。最后归入阿赖耶识为一切种子。
阿赖耶识称谓繁多，但基本意思都是指它含藏一切种子，它既是世间万法的本源，又是世间涅架的根据;既有无漏种子，又有有漏种子，它一身而二任，既有不灭之真的一面，又有生灭之妄的一面，是二者的统一;阿赖耶识同时既有杂染的一面，又有清净的一面，是杂染之所依。
从思想演进来说，摄论及摄论师是最早接触阿赖耶识思想的，他们是以迷染的阿赖耶为“无始时来”的界，复进而详细说明一切染净法皆共依于此界一一阿赖耶。但是只是泛泛而论，并没有系统阐述。《楞伽经》原有如来藏与藏识的分别说，但是，由于对本经的翻译一直以来都争议，对于如来藏与藏识，以及藏识是否就是阿赖耶识到目前为止一直颇有歧异，此处不作讨论。大乘佛教发展到《起信论》时则将如来藏识之染净放在一处作真心系统的解释，并把如来藏系统与阿赖耶识系统统一了起来。
弥勒菩萨的《瑜伽师地论》是大乘有宗的大论，在这部论中系统地论述了阿赖耶识的思想。如阐述阿赖耶识与转依之因果关系，论言:“阿赖耶识是无常，有取受性;转依是常无取受性，缘真如圣境方能转依。阿赖耶识转为一切粗重所随，转依究竟远离一切所有粗重，故是烦恼之转因，圣道不转因。转依是烦恼不转因，圣道转因。阿赖耶识，令善净无记法中不得自在;转依令一切善净无记法中得大存在。”阿赖耶识缘真如圣境方能转依，这样后才能使杂染成净，同时通过转依不仅不使烦恼存在，而且能使烦恼能为圣道。
阿赖耶识与其他识关系又是:“诸识皆名为意识，若就最胜，阿赖耶识名心。由此识能集聚一切法种子故，于一切时缘执受境……末那识为意，于一切时执我、我所及我慢等。思量为性，余识名识，谓于境界了别为相，(因之者)有心住中心意识，于一切时俱有而转。……如是或时四识俱转，乃至或八识俱转。”28论文把其它识都归为意识，唯有阿赖耶识是最胜、是心，此心含藏了一切种子。也可以说，宇宙间一一自性种子都为一切种子阿赖耶识所涵。因此消除一一种子，即可消除一切种子;消除一一种子识，即可消除一切种子识。向上一着即是清净、涅架，向下一着即是烦恼、染着，即是大千世界。《起信论》把清净、涅架与如来藏结合，于是把如来藏含摄进了阿赖耶识。
