吕激先生对“本寂”与“本觉”划分的目的，在于标明何为印度正宗的佛教，因此，他认为，凡在义理上违背“本寂”而属于“本觉”系统的佛教经典，均有中国人伪造之嫌疑。他的学术工作的主要方向之一，便是考证和批判那些他所认定的“汉地伪经”，若《起信》《楞严》等。
吕激对于《起信论》的辨伪，在学术界最负盛名。一一关于《起信论》为伪托之作之疑，本古己有之，亦为中国近代学术史上的一个著名公案。一一近世佛教学者对其真伪的深入考证肇始于日本学者望月信亨等。1922年，梁启超将彼邦对此问题研究与争鸣文章总结编撰成册，介绍与国人，是为《<大乘起信论>考证》。任公却未因此而改变对《起信论》的义理的推崇，并言“一旦忽证明其出于我先民之手，吾之欢喜踊跃乃不可言喻。”然此书一出，对佛教界的震动甚大，成为一时之焦点，低毁者有之，赞扬者亦有之。至1932年，武昌印经处将国内此一阶段的辩难文章汇集为《<大乘起信论>研究》，方暂告一段落。
国内始从义理上质疑《起信论》者，为吕激的老师，也就是内学院的欧阳竟无。正如我们上文所提到过的，竟无本由《起信论》而入佛学之门，但通过对唯识学经典的多年深入研究后，立足于印度大乘空有二宗，反戈一击，进而质疑《起信论》的“真如缘起”观念以及与之相关的汉地佛教台、贤、禅诸宗。在《唯识抉择谈》中，他对《起信论》的“真如受熏”之说给予了批评，谓真如与正智本为体用关系，此说不合于梵土经义，谓“真如体义，不可说种，能熏所熏，都无其事。”“净染不相容，正智、无明实不相立，即不得熏。”“又，两物相隔，使之相合，则有熏义，彼蕴此中，一则不能。”并在《大乘密严》诸叙中进一步批驳，并断言“自天台、贤首等宗兴盛而后，佛法之光愈晦。”甚至认为“《起信论》出，独帜法坛，支离傲侗之害千有余年，至今不息”。于是，这以来的中国佛典“乃无一纸切当示要之论”。一一而吕激对于《大乘起信论》的考证，则是对于欧阳竟无的观点的补充和深化。
吕激认为《起信论》的出现是“本觉”思想的源头，他发现《起信论》的思想与魏译《楞伽》甚为近似，而魏译《楞伽》本身与梵文本相比又颇多异解。又通过回顾日本望月信亨等学者的考辨过程，觉得他们的研究颇为支离一一认为只要证明《起信论》思想来源于魏译《楞伽》之误，便可判定其为伪经:
象魏译《楞伽》有异解或错解的地方，《起信》也跟着有异解或错解，这样《起信》之为独立的译本就有些不可靠了。如果它们的相关处不止于此，还更进一层见到《起信》对于魏译《楞伽》解错的地方并不觉其错误，反加以引申、发挥，自成其说，那末，《起信》这部书决不是从梵本译出，而只是依据魏译《楞伽》而写作，它的来历便很容易搞清楚了。
吕激对《起信论》的考辨方法，是将义理的辨析与文本的比较相结合，自定名为“义据批评法”，他认为这种方法较之单纯的立足文献证据的考证更加先进。他指出:
晚近颇有人，以考证方法辨此问题(即《起信论》的真伪问题。一一笔者)，结果所得:历史上，仍只证其与马鸣、真谛无涉而止，终不能揭穿译籍之伪幕，而确断为中国人之手笔;学理上，类以一派学说相批评，而不得定论。夫佛学历史悠久，系别分歧，归纳之难，自不待说。而注《起信》者或和会异议，或标榜超然，避难遁词，颇多蹊径，故考证结果，仍不足撼动其立说。此虽千年流毒，非一旦所能涤荡，然方法未善，要亦有致之。今别取途径，先寻其义理之根据，从而分析，再与以刊定，务使其伪迹表著，无所遁形而后已，此法姑名之曰“义据批评法”。
由此可见，吕激的“义据批评法”，乃是先判断义理是非一一也就是合乎不合乎印度佛学，特别是唯识学的正统言教，然后再寻找文献证据。根据这种方法，他将证成《起信论》思想主旨与魏译《楞伽》之误相合者，归之为七:
一，《起信》以一心二门为宗，视真如与如来藏为一，其说本于魏译《楞伽》。魏译云，寂灭者名为一心，一心者名为如来藏，入自内身智慧境界得无生法忍三昧。元晓，贤首并解云，依经寂灭一心而言心真如，依经一心如来藏而言心生灭，是也。然勘之梵本经文，则魏译全非，《起信》尤谬。(后略，下六条同。一一笔者)
二，《起信》视真如与如来藏为一，亦即于真如，正智不分，故谓真如自体不空，具足性德，有大智慧光明，遍照法界，又谓生灭心体离念本觉等虚空相。此以如来藏智空不空义悉归之真如，亦由误据魏译《楞伽》而来。
三，《楞伽》以阿赖耶解如来藏，如来藏为善不善因，实阿赖耶为善不善因，故云如来藏，阿赖耶，一法而异义，一事而殊名……魏译《楞伽)于此正义独持异见，凡经文合说如来藏阿赖耶之处，皆强析为二……《起信》独取其说，谓依如来藏而有耶识，因转变不同，举水波为喻，显然大悖于《楞伽》。使《起信》真为梵土之作，安所得此谬解，恰与魏译符合哉。
四，《起信》立真如随染之义云，依如来藏故有生灭心，所谓不生不灭与生灭合和非一非异，名阿黎耶识，此又纯用魏译《楞伽》之说也。
五，《起信》解生灭因缘，云三界虚伪唯心所作，所据在魏译《十地经论》之第六地，故三细六粗之谈，完全模仿十二因缘，对比两文，显而易见，其因魏译之错而错，固矣。
六，《起信》之释染净缘起以为出于真如与无明之互熏，而皆无始以来未尝间息，其说本不可通，然其误解则又出于魏译《楞伽》也。
七，《起信》以修行禅观为指归，而寄枢纽于真如三昧，与《楞伽》之义相近，然其释真如三昧曰，不住见相，不住得相，则与《楞伽》相反，此又因魏译之错而妄为之说也。
具体推演过程，见于吕激《大乘起信论考证》一文，兹不详述。要而言之，吕激通过将《起信论》与魏译《楞伽》误译之间的细致具体和多方面的义理和文本比较，得出结论一一认为作为《起信论》主导思想的“一心二门”与认为久远熏习即得清净的“心性本觉”诸说，皆是从误译而妄加引申的。
吕激镇密的文本考证，使《起信论》之为中国人伪托之作的说法，得到了扎实和难以动摇的铁证。吕激辨伪的目的自然不仅在斯，而是要通过“伪经”而批判“伪教”，进而全面置疑建立在“心性本觉”思想上的汉地佛教诸宗，希望中国佛教能回到“心性本寂”，合乎印度原旨的路线上。他说:
中国隋唐的佛学，受了《起信论》似是而非的学说影响，不觉变了质，成为一种消极的保守的见解，并且将宇宙发生的原理，笼统地联系到“心”上面，而有“如来藏缘起”之说，又加深了唯心的色彩。这些都丧失了佛学的真精神，成为统治者利用的工具。后来义学家更变本加厉，将《起信》思想看成印度佛学最后进展的一阶段，以为马鸣之传，由坚慧等发扬，自成一系，还超越了无着世亲之说。这是虚构历史(坚慧说与无着贯通，原属一系，而误会为两事)，抹煞了学说变迁的真相。今天，如果要认识我国过去佛学的实质，判明它的价值，并撇开蔽障去辨别佛学的真面目，都非先了解《起信论》思想的错误不可。我们用考证方法，揭露了《起信论》的伪书、似说，并始终坚持这样的论断，其用意就在于此。除了《起信论》之外，吕激所认定并考证过的“伪经”尚有甚多，他曾说:
唐代佛典翻译最盛，伪经之流布亦最盛，《仁王》伪也，《梵网》伪也，《圆觉》伪也，《占察》伪也。实叉重翻《起信》，不空再译《仁王》，又伪中之伪也。
