耶稣会士主要继承了托马斯·阿奎那的神学知识，因为当时天主教虽然在进行改革，但是神学正统依然是托马斯主义。13世纪，基督教神学家托马斯·阿奎那在他所著的《神学大全》中有关于“天主存在”的五个证明，这五个证明分别是:首先，从事物的运动来证明。事物必定是运动的，既然是运动，必然有另一个事物对它进行推动，但是推动不能推到无限，必然有一个不受其它事物推动的第一推动者，这就是上帝;其次，从动力因来证明。现实世界中充满因果联系，有果必有因，但又不能推到无限，必定会有一个最初的动力因，这就是上帝;再次，从可能性与必然性来论证。自然界中的事物都在产生和消灭的过程中，事物如果不依赖某种己经存在的东西就不能产生，每一个必然的事物，其必然性有的是由其他事物所引起的，有的则不是，应当承认必然有一个事物，它本身就具有自己存在的必然性，并可以使其它事物得到其必然性，这就是上帝;第四，事物有从高到低不同的等级，那么必然有一个至高至善至美的存在，人类称之为上帝;第五，这个世界是有秩序的，每一种事物都有其目标，并非是偶然的存在，那么必定有一个智慧在指导它们，对它们进行很好的计划，这个智慧就是上帝。天主教传教士为证明天主之存在所做的论证可以说是基本上不离这五点的。
此外，利玛窦还采用“理”这个概念来证明天主的存在。利玛窦认为:世界上的事物，有就是有，无就是无。不能认为人可以见到的就认为是有，看不到的就是无，这是十分荒诞的郊野之语。他用吃鱼肉打了一个比方，鱼肉的味道是看不出来的，但并不是说它就不存在。没有谁能够用俗眼看到五常、谁又能看到生者的魂?谁又能看到风呢?虽然这些都是凡人看不到的，但是并不能否认它们的存在。那么很自然，世人没有看到天堂和地狱，不代表它们就不存在。肉眼看不到的东西，智者并不认为是无，因为在理论上是成立的，而理是高于人的肉眼的。因为人的耳朵和眼睛等生理上是有局限的，经常有误差，就像将直木头浸入水中，用眼睛看的时候是弯曲的，但是用理来看，它是直的，并不是弯曲的。可见，用理来“看”事物是绝对不会出错的，用眼睛看不如用理来认证。而且:况夫天主事，非一夫之言，天主亲贻正经，诸国之圣贤传之，天下之英俊金从之，信之固不为妄，何恍惚之有?
这说明许多国家都信奉天主，都在传颂他的美德。所以说无论是在理论上还是在事实上，天主肯定都是存在的，这是不容怀疑的事实，利玛窦在《天主实义)中言:
天下无有一物不具此四者:四之中，其模者、质者此二者在物之内，为物之本分，或谓阴阳是也;作者、为者此二者在物之外，超于物之先者也，不能为物之本分。吾按天主为物之所以然，但云作者、为者，不云模者，质者。盖天主浑全无二，胡能为物之分乎?
“模者”是亚里士多德之形式因，“质者”是亚氏的质料因，作者是亚氏之动力因，为者是亚氏之目的因。虽然说利玛窦利用的是亚里士多德的哲学思想，不过本文认为他还是承前了托马斯·阿奎那的神学思想。因为托马斯的思想主要采用了亚里士多德的学说对基督教的神学与教义进行论证。他认为形式是不断运动和变化的，而质料仅仅是一种潜在的可能性，是被动的。形式是在它还未成型之前是存在于上帝的理性之中的，上帝造物之后，形式作为事物的形式和本质存在于个别事物之中，并以感性为基础经过抽象形成概念从而存在于人的理性之中，其实这一切都来源于上帝。那么可以说，利玛窦所言的作者与为者实质上指的是上帝，作者与为者是先于物而存在的，是上帝使事物成为它所成为的样子，如果没有天主，那么将不可能有事物的存在，既然世界是存在的，事物也是存在的，必定有一天主存在。
针对利玛窦使用“理”这个概念证明天主的存在，智旭在《天学再征)中也讲到物和理的关系，并进行反驳，其言曰:
必先有物而后有理。引诗云:“有物有则”，征日:夫理者，贯于物之终始而能成物者也，故日诚者物之终始。不诚无物，诗所谓有物有则，正由从理成物，故即物是理。如金作器。器全是金也。若言先有物而后有理，则未有物时，便无理耶?即无物即无理，则无天地时尤必无理，而天主在天地先，乃无理之尤甚者也。”
智旭所说的“理”即相当于形式因，“物”相当于质料因。智旭认为无理外之物，也无物外之理，换句话说，天主不在万物之外，万物之外无天主，因为在没有天地时是没有理的，而按照利玛窦等人的说法，天主是在天地之前就存在的，这是说不通的，从而否定了利玛窦从“理”这个概念证明天主存在的说法。智旭同时还说:
舟之渡江海也，舟必各一舵工，未闻一舵工而遍操中州之上下者也。又操舟者，必非造舟人也，谓天唯一主并造之，并运行之，可乎?工匠之成房屋也，必有命之成者。天主之成天地，孰命之耶?工匠成房屋，不能为房屋主;彼成天地者，又鸟能为天地主乎?
智旭认为，正如利玛窦所说房屋所成需要有建造者，但是这个建造者并非就是房屋的主人，以此类推，即使是天主造天主，他也不会就是这个世界的主人。因此，天主并不一定就是存在的。
