因元朝元帝提倡喇嘛教，禁绝佛释，以及明世祖对教派的禁治，百余年间，梵净山佛教步履艰辛，难于发展。
明朝永乐年间，功盖朝野、位极人臣的高僧道衍(1335-1418)倡修净土的主张，得到了皇帝明成祖朱棣的大力支持，净土宗教全面得以复兴发展。中央政府对贵州实施改土归流的政策，设立贵州布政司(行省)，置贵州八府，展拓宗教教化，梵净山净土道场受到重视。当时，梵净山连接思南、铜仁、石降、乌罗四府，各地官员争相拜锡，宣传和倡导，佛山佛名远播，香火日盛。“海内信奉而奔趋，不音苦云而若雨;王公大人之钦渴，恒见月盛而日新。久已灵驰于两京，倾动于十三布政，劳族于抚按、频顾于道府，诸侯莫不期以魂交纳帝而梦接安期”山顶碑描述了梵净佛山永乐初兴的盛况。嘉靖世宗继位，因其信仰道教，加上“青词宰相”严尚弄权，佛教受到打击，梵净山佛教的兴盛，延续百年后又衰落了。加之梵净山周边连续发生三起战乱，使其朝山路断，香烟冷落。
到了万历年间，因为神宗生母李太后虔诚向佛，倡修佛法，“顾好佛，京师内外，多置梵宇，动费拒万，帝亦助施无算;佛教得以再度中兴。云栖宏、紫柏真可、憨山德清和藕益智旭就是此时涌现出来的“明末四大高僧”。其中临济宗下禅师憨山德清影响最大，曾因私自扩充寺庙获罪人狱，后被李太后赦免到江南转法，并大力提倡和推动净土修持。其时，梵净山“委系古迹名山”的踏勘呈奏送上，“天哀名山之颓，而赐以钦命僧妙玄重建金顶正殿。”妙玄是师从憨山德清的得道高僧，梵净山有他奉旨重建，“足为万圣临鉴”，又得到地方各级政府的支持照应，于是梵净山佛教走上了鼎兴之途。
高僧妙玄奉旨到达梵净山，“创修庙宇，满塑佛像，建立四大皇庵，开凿五方道路……而梵净山之名传焉。数百年进香男女，时往时来，若城市然。梵净山山顶原有洞殿，写进(救赐碑》的就有九皇洞、九皇殿、三清殿、圆通殿、弥勒殿、释迎殿、通明殿等七处。妙玄到此，创修承恩寺，作为“镇山印号”，维修天庆寺，同时创修朝天寺、天林寺和天池寺(现护国寺)。随着皇恩惠及山顶及上山主要道路、寺庙的建设，在梵净山兴起了寺庙建设高潮，大小庙宇在全山各处起竖，形成后来碑揭所称的“四大皇庵”“四十八座脚庵”的寺庙建筑群，比原先所载的“仙洞灵台，咸棋布而肪列;奇峰古刹，俱凤翁而莺翔”更加辉煌。其主要寺庙有天马寺、天庆寺、护国寺、坝梅寺、罗江寺、朝阳寺、香山寺、白云寺、大佛寺、东山寺、镇国寺、三合寺、金山寺、回香坪寺、永兴寺等。如天马寺，位于梵净山东北山麓双凤山下，该寺建于洪武以前，历经宗安、慧本、明聪、洪政、天性等的努力，天马寺“上下诸尊有光，前后佛像辉煌，此乃铜江梵刹之伟观”。清朝道光年间，天马寺有四个大的四合院，层层叠叠，依山就势，规模宏大，有庙产千余挑谷子，山林8千余亩。
