因藏族、蒙古族多信奉藏语系佛教，蒙、藏诸多事务实际上是与佛教联系在一起的。孙中山在民权主义的演讲中就说:“现有西藏，如果忽然设立君主，人民一定是要反对的;因为他们崇信教主，拥戴活佛，尊仰活佛的威权，服从活佛的命令。”由于晚清政府对待达赖的错误政策、英人的引诱、驻藏大臣的刚惶自用等原因，十三世达赖喇嘛于1910年2月12日，在亚东英商务处代理麦克唐纳的诱胁下走出了国门，后又由英人贝尔送到印度大吉岭。事后，清政府再次错误地被夺了达赖喇嘛的名号和部分官员的官阶品第，英国则利用这一机会加紧了对达赖喇嘛的拉拢和亲英势力的培植。
孙中山就任临时大总统后，宣布“国家之本，在于人民。合汉、满、蒙、回、藏诸地为一国，即合汉、满、蒙、回、藏诸族为一人。是日民族之统一。”这既是维护国家统一、民族团结的宣言，实际上也包括对达赖喇嘛等宗教领袖的争取。袁世凯上台后，也重视蒙藏事务的处理。1911年12月，外蒙古封建王公上层在沙俄的支持下，宣布“自治”。1912年8月27日，因蒙、藏宣告独立，岌岌可危，袁世凯特请问于孙中山。孙中山说:“此次蒙、藏离叛，达赖活佛实为祸首。若能广收人心，施以恩泽，一面以外交立国，倘徒以兵力从事蒙、藏，人民愚昧无知，势必反激其外向，牵连外交，前途益危，而事愈棘手矣。”在孙中山看来:“达赖背叛，纯系外人运动所致，我如诱以爵位，饵以重金，或可就我范围。若专恃正式讨伐，微特无济，恐益坚其外向之心。".1913年1月30日，孙中山还就对蒙办法致电北京政府:“库伦逆佛自宣告独立后，迭受俄国怂恿，其反抗民国之心甚坚，须一面迭派声望素著人员多名，携兵分赴外蒙四盟四六旗，极力开导;一面致电绥远城将军等极力联络内蒙六盟二十四部四十九旗，使逆佛失所依据，自易收效。孙中山的这些真知灼见，对于北京政府处理西藏、蒙古问题，起了积极作用。
