在原始佛教时期，五蕴说决定事物之存在是多元的，到部派佛教时期，多元论的特点没有改变。比如，对瑜伽行派影响巨大的有部系所持的“三世实有说”，就是典型的多元实在论。这样给出的现象世界图像是“支离破碎”的。但瑜伽行派对现象世界给出了完全不同的说明.它不仅以唯心论将一切法收摄于心，而且建立阿赖耶识作为一切法之根本所依或说本体，由此，将一切法统一到阿赖耶识上，从而将一切法归结为一个唯心的整体图景。瑜伽行派的具体做法是通过阐发阿赖耶识的本体论意义与缘起论(发生论)意义、即在阿赖耶识概念上建立本体论与缘起论的合一实现的。其中，由本体论意义，一切法得以依存于阿赖耶识而具有唯心性;由缘起论意义，一切法得以依阿赖耶识所摄之种子为因而发生并显现为现行之世界图像。在瑜伽行派看来，阿赖耶识的本体论意义在逻辑上是先在的，即阿赖耶识首先是一切法所依存之本体，由此瑜伽行派进一步认为，作为本体的阿赖耶识必然是一切法之根源，即一切法之因体，从而具有了发生论意义。换言之，阿赖耶识的本体论含义蕴涵有发生论含义，或者说由阿赖耶识的本体论意义即可阐释出发生论意义。结果，在阿赖耶识上本体论意义自然与缘起论意义结合在一起。《阿毗达磨大乘经》的一颂“界颂”对此义有明示:
无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅集证得。(《摄大乘论本》卷上所知依分第二，大正三十一)
此中将界(dhatu)释为一切法之本体。此界具有“无始时来”之性，即就界的存在与相续而言，是无法追溯其起始的。由于在时空中生灭之一切法以界为共所依(“等依”，samasraya)而依存于它，本须在发生论意义上才能得到阐发的时间概念，却必以界的本体论意义上的存在为先。换言之，正因为界的本体论含义，才有在现象层面的“无始”之说。该经对界进一步说明道:“由摄藏诸法，一切种子识，故名阿赖耶，胜者我开示。意为，界作为一切法之共所依，即摄藏一切法，因此即是一切法之因体，或者说一切法之种子。在此意义上，才有“界颂”所说的“由此有诸趣，及涅架证得”，即有界(阿赖耶识)的存在并作为因，才有诸趣所摄的杂染法的生起与相续，以及涅架所摄的清净法的生起与相续。但此界作为阿赖耶识，并非是常一不变、独立自在之存在者，而是有为性，刹那生灭，前灭后生，相似相续。显然，“界颂”前两句揭示阿赖耶识的本体论含义，后二句揭示其发生论(缘起论)含义，通过界(阿赖耶识)概念达成了本体论与发生论之合一，并以此阐明了瑜伽行派唯识思想的结构性质与基本特征。
由本体论含义与缘起论含义在阿赖耶识概念上之合一提供的缘起的整体图像，在《解深密经》中有直接说明:
譬如大瀑水流，若有一浪生缘现前唯一浪转，若二若多浪生缘现前有多浪转，然此瀑水自类恒流无断无尽;又如善净镜面，若有一影生缘现前唯一影起，若二若多影生缘现前有多影起，非此镜面转变为影，亦无受用灭尽可得。知是，··一，由似瀑流阿陀那识为依止为建立故，若于尔时有一眼识生缘现前，即于此时一眼识转;若于尔时乃至有五识身生缘现前，即于此时五识身转。(《解深密经》卷一心意识相品第三，大正藏十六)此中将阿赖耶识(阿陀那识)作为诸识之根本所依，亦即本体，并用恒流不断绝之大瀑水流、磨莹光净之镜作喻，同时将阿赖耶识作为因体生起诸识，比喻为大瀑流水生起波浪、光净镜现出影像。以阿赖耶识为本体、因体，表明所生起之一切现行法与阿赖耶识不可分离，与之是一个整体，如同瀑流与所生之波浪、镜与所现之影不可分离，构成一种整体图景。所缘起之一切法依于阿赖耶识之整体性，实际即是瑜伽行派唯识学的唯心性缘起之整体性的体现。
