禅宗作为佛教的一个派别，以禅作为主要修行方式，永嘉禅是南禅宗的继承和延续，所以可以说永嘉禅的出现进一步丰富充实了佛学思想。太虚大师说:“中国佛教的特质在禅”，任何一宗，均可汇归禅的精神。永嘉禅的形成既是来源于天台宗华严宗等中国化的佛学宗派，也在此基础上汇入了玄觉大师自己的心得体悟，他以慧能思想去包容天台教观，使佛法更加圆融无碍地教化众生。因而在慧能的弟子们中，玄觉大师的禅学思想自成一格，对之后的佛学和禅学发展产生了深远影响，特别是在浙江地区。温州自玄觉大师后出了不少禅师，如青了、归一、永安、义怀、永映、云外禅师等，再如后世法眼宗的天台德诏禅师，也继承了玄觉大师圆融禅、观二教的思想，再发展到其弟子永明延寿禅师那里，大有将佛教各个宗门圆融起来的气量，这些理论根源都是源于永嘉禅的。
玄觉大师提出的从因果报应来看佛教对推进现代精神文明建设以及重建道德文明具有重要作用。《永嘉证道歌》处处指示修道证悟的境界，宣扬自性即佛性，众生都有摩尼珠，都能成佛，将无生作为心的本然状态，只有心中无生死之念，才能看出对真如的悟性，这为修行的人破除了许多迷执，对当今的修行人意义重大。此外永嘉禅有不拜佛不读经的主张，不过这并不是对佛的不信任不敬仰，虽然佛教主张慈悲平等有善心，但不应盲从，而是应启发自身的自觉，追求思想解放，从内心去觉悟人生。
回顾禅宗的发展史，从最初由达摩传入中国时的一个小派别，到后来在中国的巨大发展，其中六祖惠能了很大的作用，是禅宗历史上划时代的人物。释迎牟尼佛认为佛就是觉悟，人觉悟了就可成佛，但没说明如何觉悟，六祖则说明了觉悟就在于人心中的一念之间，即“顿悟”，从而准确地体现了释迎牟尼佛思想的精髓。而玄觉大师作为六祖杰出的弟子，写出的著作语言简洁，通俗易懂，读起来朗朗上口，从而使佛法从晦涩难懂变得更加容易理解和修行，这对佛教的发展和弘扬起到了非常重要的影响，作出了很大贡献。正是玄觉大师这些看似简单的理论体现了佛教理论的实质。
后代学者对玄觉大师的永嘉禅给予了充分肯定，如《景德传灯录》、《宋高僧传》等典籍都将永嘉禅列为南宗禅的别支，使其深受佛教史研究者重视，日本忽滑谷快天的《中国禅学思想史》为其列了专章。杜继文、魏道儒的《中国禅宗通史》也专门辟了“永嘉禅观”一小节对其详为论述。可以看出永嘉禅在中国佛教史上的重要地位。
同时，永嘉禅对佛教的影响还在于为汉传佛教的发展提供了扎实的基础。因为本来在中国佛教史上有系统的佛教修学在近代却模糊起来，虽然汉地的佛学见地很高，可现在的人提到修行都认为要去藏地，这是对汉传佛教的认识不足所导致的，永嘉禅学会的成立对弘扬汉传佛教起到了很大的作用，通过和国外友人的交流探讨也把佛教带向了世界，把本来具有但被模糊了的佛教体系系统化，跟藏传佛教并列地重构起来，这是非常具有价值的。
总之，永嘉禅主张要净化人心，并在精神上获取自由，不仅使人们的修行变得容易也让佛学的思想更加丰富，对佛教的发展产生了深远的影响，使佛教更加的世俗化，而不是一味的消极避世，修行也融入到人们的日常生活当中，使更多人对佛教对禅宗有了深刻的认识和了解。
