三论宗是隋唐时期的一个重要佛教宗派，嘉祥寺是三论宗的诞生之地。
吉藏，“俗姓安，本安息(今伊朗一带)由有“嘉祥大师”之称的高僧吉藏创立，人也。祖世避仇，移居南海，因遂家于交、广之间，后迁金陵(今南京)而生藏。”吉藏在七岁那年投法朗出家，十四岁习《百论》，十九岁学有成就，善讲经论。“隋定百越，遂东游秦望(即秦望山，在今绍兴南)，止泊嘉祥”，在嘉祥寺宣讲三论达十五年之久，听众每达千余，“禹穴成市，问道千余”。“开皇末岁，场帝晋蕃置四道场，国司供给，释李两部各尽搜扬，以藏名解著功，召人慧日(即东都洛阳慧日道场)，礼事丰华，优赏伦异。”吉藏在京师经常与高僧进行辩论，声名远播。“王又于京师置日严寺，别教延藏往彼居之，欲使道振中原，行高帝壤。……藏乃游诸名肆，薄示言跳，皆掩口杜辞，渺能其对。然京师欣尚妙重法华，乃因其利即而开剖。时有昙献禅师，禅门征鼓，……时沙门僧架，自号一‘三国论师’，雄辩河倾，吐言折角，最先征问，往还四十余番，藏对引飞激，注赡滔然。”吉藏在京师长安对“三论学”进行了深人研究，先后撰写了(三论玄义)I卷、(大乘玄论》5卷、(二谛义》2卷、《三论游意》1卷、《中论疏》20卷、《百论疏》9卷、《十二门论疏》6卷及《大品般若经疏》10卷等。因此，吉藏是三论宗的实际创宗者。“及大唐义举，初届京师，武皇亲召释宗，渴于虔化门下。众以藏机悟有闻，乃推而叙对……武德之初，僧过繁结，置十大德(即当时佛教界十大有德行高僧)”，统领僧众，吉藏亦在当选之列。
