道元将《禅苑清规》的内容大量引入自己的著作，并仿照中国天童禅寺修建禅院，进行修行。但是，由于缺乏幕府的支持以及距离平民阶层有所距离。道元的曹洞宗在发展的初期影响力小于临济宗，道元所做的将南宋禅风东渐的努力，也并没有在日本引起巨大的反响。道元圆寂后，道元的弟子孤云怀奖汇编整理道元的相关著作，将道元的相关理论进行继承和发展。孤云环奖之后，彻通义介与义演就寺院住持的问题发生争执，导致了曹洞宗内部的分裂。
彻通义介之后，对曹洞宗产生巨大影响的便是莹山绍瑾。莹山绍瑾为了弘扬曹洞宗，开始在曹洞宗中加入日本本土文化，在他的很多著作中，也能看到很多本土文化的痕迹。如《莹山清规》中便有这样的文字:“回向真如育隙上佛果菩提。祝瓢法褚天。大榷真宰。三界寓露。十方至望。今年分主轨隐 榷衡造化善恶聪明。南方火德星君火部望聚。堂颐和尚本命元辰建生星斗。日本圃内大小神抵。富山土地。镬伽蓝神。合堂真宰。盖祈祷舍上。熬逞露既兹妙善。普用回惠祈。堂颐和尚道艘安福爵增畏。炎障不侵。吉祥如意。”‘、“圆通教主。普阴浮望。腾彼世梵音海潮。飒富堡王短一千卷。功德。熬量。回向施熬畏者颧自在尊。正法明王千光王城三十三垠。十方刹膺三界寓。一切神抵。所集殊勤。祝瓢大日本圃天照太神六十赊州三千赊座神抵天能鬼神等。大小福德今日旗主本命元辰。富年属星生土氏神居虚镇守。祈祷舍上熬逞露既。伏旗。除病延命…... ;通过这些文字不难发现，在《莹山清规》中出现了日本诸神的影子，也出现了日本甚至中国民间信仰的影子。莹山绍瑾对于神道与民间信仰的吸收，扩大了曹洞宗的影响，促使曹洞宗迅速发展，但同时也标志着，道元所主张的源自中国的“纯粹禅”己经结束。此外，由于从“永平三代论争”开始，彻通义介主张将平民作为弘法的对象，大量平民以及平民文化的加入，使曹洞宗开始了日本化的发展，道元禅师以及他所带来的南宋禅林清规虽然在一定程度上得到保留，但是，发展过程中所增加的神道以及民间信仰，使曹洞宗中的南宋禅林清规己经与宋朝出现了不同。
