道元之后，永平寺相继由孤云怀奖、彻通义介为住持。孤云怀奖在道元弘法时，相继任典座、首座之职，道元对孤云怀奖给予厚望。孤云怀奖对于宋代禅林清规在永平寺践行的贡献，主要是他所编的《永平广录》、《正法眼藏随闻记》以及对《正法眼藏》的整理与书写。这些著作是道元禅宗思想的记录，禅林清规作为其中一部分，也寓于其中。可以说这些著作的编写将元的言行记录下来，使后世践行时可以有所参考。
彻通义介与孤云怀奖一样，同样参与了《永平广录》与《正法眼藏》的整理与编写。值得一提的是与道元相似，彻通义介同样赴宋学禅，历参多为禅宗大师。他将宋朝禅寺礼乐制度带回日本，并在永平寺施行，这使道元所传回的宋代禅林清规更加完善，可以说，彻通义介对于宋风禅的东渐，发挥了巨大的作用。
莹山绍瑾虽然将日本本土文化加入曹洞宗，但是与此同时，莹山绍瑾也进一步完善了道元所传的南宋禅林清规。《莹山清规》和《坐禅用心记》便是其中很好的证明。《坐禅用心记》是莹山绍瑾论述坐禅的一部著作，其中一部分思想继承自道元《普劝坐禅仪》，而道元的《普劝坐禅仪》则是借鉴了《禅苑清规》的坐禅篇。可以说，《坐禅用心记》是莹山绍瑾将自己所见宋代禅林清规与道元《普劝坐禅仪》结合完善的著作。而且在《坐禅用心记》中，也可以看到《禅苑清规》相关要求的文本延续。‘如《坐禅用心记》中“或黯枷跌坐。或半枷跌坐。黯枷法者。先以右足置左骸上。以左足置右骸上。而竟繁衣物内衣带钮可令膺整。次以右手安左足上。以左手安右手上。雨手大指相拄近身。拄指封颐富封脑安。正身端坐。不得左侧右倾前躬俊仰。耳典肩鼻典脑。必俱相封。舌拄上鳄。息提鼻通。唇齿相著。眼镇正阴。不张不微。便是对《禅苑清规》文本的继承。
《莹山清规》虽然加入了大量日本本土文化因素，但是其中仍有较多对于宋代禅林清规的借鉴，如《莹山清规》中“十二日。入室。或月一度。若夏中雨三度。或普A入室。若昧旦。若薄暮。乃至夜半早晓。或寝堂若照堂若堂前。不定虚。不定畴。有道古佛天童家夙也。的记录说明在“入室”这一点参照了天童的相关清规。另外，《莹山清规》还在道元借鉴《禅苑清规》的基础上进一步吸收《禅苑清规》的相关内容。如道元著作中，对于《禅苑清规》“亡僧”基本没有引用，而在《莹山清规》中出现了对这部分内容的引用.
