宋明时期的理学在发展的初端和其后的发展过程中，吸收了佛老之学，程朱理学所发挥的“体用一源，显微无间”和“理一分殊”等思想，就与佛教理论有着密切的关系，而其后的阳明心学也是渗透了佛教禅宗关于心的思想。与此同时，在“六经注我”的学术风气影响下，佛教也借助于用佛理注释经典这样的方式来阐明其教理。这样一种双向回流的趋势，使得佛教在这一时期的发展，思想中融入了更多儒家经典的教义和概念。在智旭的《中庸直指》一文中，无疑将这一点显发得淋漓尽致，诸佛众生本源自清静心，他的儒佛融通的思想乃是从“心学”的角度，以心性论为理论基础。
智旭对王阳明有着很高的评价，他认为:
“明朝功业远不及汉唐，宋理学则大过之，阳明一人直续孔颜心脉。”
“二十时，所悟与阳明同，但阳明境上炼得力大而用广，予看书时解得力微而用弱，由此悟门方得为佛法阶渐.今于佛法所窥，较昔所悟，扰海若之于河伯，而佛海中尚未尽一滴之量，道之无穷，其致若此.倪不剖开人世藩篱，何由到此海阔天空境界.”。
王阳明创，合学”是吸收了佛教的思想，以，’心”为本，以“吾心”为判断是非善恶的标准，提倡“良知”说和知行合一说，是以儒家的伦理道德修养为侧重点形成的一套整合的心本理论体系。而智旭则是为了吸收传统文化思想，进一步蹂合到佛教的修行法门当中，为信者求得解脱。但二者在思想上有着一定的一致性和相似性，因为二者都是从心这一命题概念出发来阐述学说和思想，故而有着可堪比较的内容。
