保守的神学反对宗教认知科学，因为宗教的科学解释对于宗教信仰而言终归是有风险的，众所周知，宗教信仰是非理性的，而认知理论强调实证和客观，赞赏科学理性。这就意味着，来自神学界的人很难全盘接受宗教的认知科学解释，甚至于视这种理论为潜在的危险。马丁·路德早己认识到理性之于宗教的危险性，他指出，“理性是信仰最大的敌人，它无助于灵性上的事情，反而常常与神的命令相抵触，蔑视来自上帝的声音。”“无论是谁要成为一个基督徒，他就应该卸下理性之眼。”

    然而，有远见的神学家应该意识到，固执地坚守“祖传供物”并不是一种明智的选择，宗教认知科学不等同于无神论，没有明确将宗教定义为“敌人”，所以神学也不应当急于将宗教认知科学视为“对手”。虽然从认知科学的角度理解与从神学的角度理解宗教有所不同，但有学者认为，宗教认知科学的出现，对于神学的发展而言未必是坏事，说不定可以为宗教的神学解释提供更为科学的依据。