在日本行政机构的数次变革当中，机构的名称和职能多次发生改变，但是神抵祭祀官总是居于一位的。在宗教机构中，天皇始终处于最高祭司的地位，皇室贵族成员则担任各级祭司。
浏家港陵园,上海公墓,
在国家神道的体制之下，政府新创立了许多神社用于纪念名臣、著名历史人物等。对于19世纪中期以来的各系统的神社，政府需要进行必要的改造，重新编入以天皇为中心的神道神社体系中。其中，古神社的改造与新神社的修建成为神社中心主义的具体体现。
从恢复神抵官开始，到1871年中期，神道国家化达到顶点。在这一年，政府颁布了社寺领地归国家管辖的命令、制订神社社格，新订氏子调查制度。在五月14日的太政官布告中，明确规定神社乃国家的祭祀，明确了所有神社的公共性质。对于被规定为所有神社的宗主社的伊势神宫，在该年7月进行了“御正改”，明确了内外宫的区分，置内宫于上位，改革了神社管理制度和神符与神宫历编制的分配权。(*在明治以前，伊势神宫的外宫地位高于内宫)
明治二十年(1887)，政府为了提高神宫、官社的权威，设立神职，规定府县以上的神职由内务省和府县任命。1894年，发布救令，规定府县以下神职由地方长官任命。1895年公布伊势神宫司厅官制，祭主从皇室中产生。大宫司直接接受内务大臣的指挥和监督。这一系列规定不仅强化了伊势神宫与皇室(朝廷)的联系，各级神职人员实际上也成为了国家行政范畴内的祭司。1902年，公布 《官国币社的职制》、《官国币社及神宫神职任用令》，要求宫司接受内务大臣和地方长官的指挥和监督。
近代天皇制的特质在观念形式上带有神道一一原始民俗宗教的“停滞性色彩”，而“其在观念体系上的前现代性，则在于它作为有效而顺利推行权力意图的推进契机而发挥了作用。”作为没有教义的原始民族宗教，在近代国家的宗教性支持方面，具有“万国不可比拟”的特异性。正是由于其无教义，因此在与其他宗教的调和上，得以将阻力降至最小。
“所谓天皇，就是把日本人的生命活力、赤诚之心和道德信念融为一体的精神支柱，它也是对使得世俗政权具有神圣权威以及一切荣耀的的源泉。对于日本人来说，所谓天皇就是自己之所以能活在人世间的依靠，又是一旦被需要时补习粉身碎骨的动力源泉。”
