重庆市市民公墓的创建主体为市政府及其他基层组织,由社会局、工务局、土地局、财政局、警察局分管各项事务。从1939年11月至1940年6月,重庆市共举办四次公墓会议,讨论市民公墓建设的相关事项。根据第一次筹设市民公墓会议,整个建设工作分五期进行:勘定墓地、土地征收、工程设计及施工、营葬、管理。在进行期间各项工作的分配如下:勘定墓地由各局指派一人会同办理;征收土地由财政局负责办理;工程设计及施工事项由工务局负责办理;营葬及管理工作由卫生局负责办理。关于市民公墓建设的数量以及如何建设,在市政府的多次督促下,第二次公墓会议决定分区设立,第一公墓完成后才开始后续公墓的建立。第三、四次会议分别确定公墓分三区设立和公墓建筑原则。筹设公墓过程繁杂、涉及到多个机关,从中也可以看到各个部门之间的冲突和合作,而且关于建设公墓的讨论问题很多,每次讨论得出的结论也不一定一致,但相关的建设在持续进行并逐步解决新的问题。

1940年,重庆市市民公墓计划草案出台,其中确定了市民公墓建立的依据和准则:分区设立、分期完成、建筑计划、运输营葬。草案基本确立了重庆市市民公墓共有五处:分别为羊坝滩第一公墓、鹅公岩第二公墓、万寿桥第三公墓、观音桥第四公墓、歌乐山第五公墓。
第一公墓为便利旧城区江北城区及弹子石一带居民起见,拟设立于长江下流现已勘定回龙乡山地一处为墓所。第二公墓为便利新市区及浮XX一带居民起见,拟设立于鹤公岩附近现正从事查勘地址。第三公墓为便利黄葛湾海棠溪及龙门浩一带居民起见,拟设立于万寿桥附近现正着手查勘地点。第四公墓为便利刘家台相国寺化龙桥一带居民起见,拟设立于观音桥附近地点尚待查勘。为便利磁器口歌乐山一带居民起见,第五公墓拟设立于磁器口与歌乐山之间地点尚待查勘。
此外,还有江北尊德堂为支持抗战、关切死亡同胞,将黑石子附近的墓地捐赠给政府,用作建设市民公墓。计划草案为重庆此后大概十年的公墓建设确定了前进的方向,过程中会有一些变化,比如第三、四、五公墓并没有在计划时期内完成,但五大公墓的勘定、建筑仍逐步进行。