除对佛教会会员资格进行改革外，僧界有识之士还极力主张整顿佛教会会务。早在1933年，中佛会就曾通告全体佛教徒，要认清形势、明白现世潮流“内则严整教规，培养僧才;外尽民众天责，匡助社会”，明确指出了整顿会务的目标。但由于相当一部分大德对此置若周闻，甚至为个人私利假整顿之名暗中破坏，致使佛教会弊端丛生“遇外侮而不能抗，于会务则无法推行，致整个佛教日趋于衰败之域”。但1936年，由江、浙佛教联合会发起，江苏、浙江、云南、贵州、四川、陕西、河南、安徽、福建、河北、湖北·江西、山西等十多省参加的佛教会，表面上看似十分庄严，却无一条关于全国佛教应兴应革的方案，甚至有人认为‘现在这佛教会最要紧的是对外的，不是对内的”，对外即是以护持教产为己任。中佛会这种治标而不治本的做法令僧界非常不满，以至他们对佛教会的性质产生了怀疑:有人说“中国佛教会是半官性机构，专为传达及执行政府法令而设”，又有人说“中佛会像寺产争夺仲裁所，整天只忙着权利谁属的调节”太虚则更直接地指出，如果佛教会以护持教产为惟一宗旨，即应取消7年来之佛教会，免滋流弊。政府当局对佛教会的这种作法也非常不满，认为佛教会徒务于消极方面纠纷、争执之处理与调节，而忽略积极之建设，仅消极的保护寺产，至于为何而有庙产兴学的这个实际问题，却是放在一边去了圈。可见，无论僧界还是国民政府都认为佛教会完全忽视了对内会务的整理，只抓住教产问题不放，而看不到护持教产也只是其对外会务中的一部分。因此，他们对佛教会将全部精力用于护持教产的做法十分不满，一致要求整顿、改进佛教会的会务，切实加强佛教会对内会务的整顿。
佛教会的改革派对会务的整顿是佛教振兴的根本之途有着明确的认识。他们清楚地看到，佛教会忽视对内会务的整理(整理教规、弘扬正法、整顿寺庵、教导整顿僧尼等)，即使寺产全部得到了保全，也同样会“则人必自侮而后人侮之”，佛教会倘做不到将护持来的教产供养十方僧众、办道、宏法、利他、度生，而只是为私人享受、挥霍，致使“产存而道微法衰，是已失护持佛教之本意”，以致“产为法累”。指出，只有通过加强内部的整顿才能更好地护持教产，而任何以护持教产为惟一目的的会务都将无济于事“佛教现在可以以什么去对外，单用一纸公文向政府请愿，这种鬼把戏拙伎俩根本是无济于事的”Czal。同时，也只有加强内部会务的整顿才能使佛教发扬光大、利益人世，坚信“僧寺整理完善，乃能举住持佛法之宝，以生世人崇仰，同时亦可宣扬教化兴办慈济以利益人世。
常惺更具体地指出，佛教会的会务就是抵御外侮、兴办慈善公益事业、宣传教义、整理教规、教化民众，“外侮之欺凌，非有教会不足以资抵抗也;慈善公益非有教会不足以资举办也;宣传教义非有教会不足以提倡也;教规堕落，非有教会不足以整理也;辅国墉民非有教会不足以资推行也，力主佛教会对内统理全国寺僧，管理寺庙财产，对外代表全国佛教徒众主持全国佛教教法。
关于会务，第七届中佛会全体代表会议也提出七项议案:兴办慈善公益、普及平民教育、提倡农工事业、设立各种研究所、宣扬佛教、整理教规及其他关于佛教应兴应革事业。显而易见，常惺和中佛会，对具体会务认识不免空洞甚至不切实际。特别是中佛会的主张在当时就为很多人所质疑:中佛会既非教育部，要承担普及平民教育的工作，无论于人力、财力都非佛教团体所能胜任;佛教会又非政府机构，又如何能提倡农工事业，各级教会系管理寺庙行政机构，既非教育部又非大学院，所谓设立各种研究所为佛学研究所，还是社会学研究所?针对这一尴尬局面，法舫指出，佛教会的会务有六事需要改革:第一总会无论如何要在南京成立，在南京办公;第二要取消上海办事处;第三常委要长期驻京，负责办事;第四要招纳贤能青年才干;第五要统一全国爱教意志，无党无派上下一心、无新无旧热心护教;第六于僧教育中劣迹昭著者除其教籍佛籍。
佛教会的会务应以发扬僧教育及保护佛教寺产为中心，而只有发展僧教育造就僧才能得以实现弘扬佛教的目的，保护寺产即是保护全体佛教徒的利益。就保护寺产而言，中佛会领导各省市佛教徒开展抗议、呼吁、请愿等活动，虽也尽了相当责任，但争来的教产却并没有用来为全体佛教徒谋利益，发扬光大佛教。因此，僧界有识之士要求对佛教会会务进行实质性改革，他们坚信对内整顿才是根本，否则最多只是消饵类似风潮于一时，而不能从根本上消除隐患，但中佛会实权人物对此或置之不理，或借故拖延，以致会务的改革没有实质性的进展。
